สโมสรในช่วงเริ่มต้น

สโมสรฟุตบอลบีบีซียู ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2519 ภายใต้ชื่อ "ทีมฟุตบอลบางเตย" โดย มนตรี สุวรรณน้อย เด็กหนุ่มวัย 20 ปี ผู้มีความฝันที่จะคว้าแชมป์ฟุตบอลประเทศไทย โดยในช่วงแรกนั้นเป็นเพียงทีมฟุตบอลเล็กๆที่ลงทำการแข่งขันในรายการ "บางกะปิ คัพ" รวมไปถึงรายการระดับสมัครเล่นอื่นๆที่มีการจัดการแข่งขันในย่าน บึงกุ่ม-บางกะปิ ก่อนที่จะเข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลในระดับ ถ้วยพระราชทาน ง เป็นครั้งแรกในปี พ.ศ. 2531 และเปลี่ยนชื่อเป็น "สโมสรฟุตบอลบางเตย-สุวรรณน้อย"

บางเตย-สุวรรณน้อย ลงสนามในนัดอย่างเป็นทางการนัดแรกพบกับ ราชนาวีสโมสร (ชุด "ถ้วย ง") ในการแข่งขันฟุตบอล ถ้วยพระราชทาน ง พ.ศ. 2531 โดยในนัดนั้น เสมอกันไป 1-1 และ มนตรี สุวรรณน้อย ในวัย 32 ปี เป็นผู้ยิงประตูแรกในประวัติศาสตร์สโมสรได้สำเร็จ ก่อนที่ทีมจะทำผลงานได้ดีอย่างต่อเนื่องจนได้สิทธิ์เลื่อนชั้นขึ้นสู่ ถ้วยพระราชทาน ค ในทันทีเมื่อสิ้นสุดฤดูกาลแรก โดยผู้เล่นของทีมที่พอจะเป็นที่รู้จักในเวลานั้นคือ สมบัติ ลีกำเนิดไทย ที่สามารถก้าวขึ้นมาติดทีมชาติไทยชุดเยาวชนเป็นคนแรกของสโมสรได้สำเร็จ

ฤดูกาลต่อมา ใน ถ้วยพระราชทาน ค ทีมก็ยังคงทำผลงานได้ดีอย่างต่อเนื่องและจบฤดูกาลด้วยสิทธ์เลื่อนชั้นขึ้นสู่ ถ้วยพระราชทาน ข นับเป็นการเลื่อนชั้น 2 ปีซ้อน โดยในปีต่อมา ทีมเปลี่ยนชื่ออีกครั้งเป็น "สโมสรฟุตบอลสินธนา" และใช้เวลาสร้างทีมอยู่ใน "ถ้วย ข" เป็นเวลา 3 ปี ก่อนจะก้าวขึ้นสู่ ถ้วยพระราชทาน ก ซึ่งเป็นการแข่งขันฟุตบอลระดับสูงสุดของประเทศไทยในเวลานั้นได้สำเร็จในปี พ.ศ. 2536

พ.ศ. 2536-2539

ตั้งแต่ สโมสรสินธนา สามารถก้าวขึ้นสู่การแข่งขันระดับสูงสุดได้สำเร็จ ทีมก็พัฒนาต่อเนื่องเรื่อยมาเพื่อเป้าหมายในการคว้าแชมป์ประเทศไทย หนึ่งในกลยุทธ์ที่สำคัญคือการวางรากฐานระบบทีมเยาวชนของทีม (ที่ริเริ่มมาตั้งแต่สมัยยังอยู่ระดับ ถ้วย ข) เนื่องจาก สินธนา ไม่ใช่ทีมขนาดใหญ่ที่มีเงินจำนวนมากในการทุ่มซื้อและจ่ายค่าเหนื่อยให้กับผู้เล่นระดับแนวหน้า ทีมจึงยึดแนวคิดระบบ "อคาเดมี่" เพื่อสร้างนักเตะของตัวเองขึ้นมาจากระดับเยาวชน (ซึ่งนับเป็นสโมสรแรกๆของเมืองไทยที่มีการสร้างระบบอคาเดมี่ของตัวเอง) โดยในช่วงเริ่มแรกนั้น สโมสรใช้วิธีการสร้างเครือข่ายพันธมิตรกับโรงเรียนมัธยมหลายแห่งเพื่อเป็นฐานในการค้นหานักฟุตบอลอายุน้อย และดึงตัวมาร่วมทีมเพื่อให้เล่นร่วมกันตั้งแต่เด็กๆ ก่อนที่ภายหลัง แนวคิดนี้จะก่อให้เกิดความสำเร็จอย่างงดงามกับสโมสร

พ.ศ. 2539 ฟุตบอลไทยเกิดการปฏิรูปครั้งใหญ่ด้วยการจัดตั้ง ไทยแลนด์ซอกเกอร์ลีก (จอห์นนีวอล์กเกอร์ไทยแลนด์ซอกเกอร์ลีก) {ไทยลีก ในปัจจุบัน} ขึ้นเพื่อเปลี่ยนการแข่งขันฟุตบอลระดับสูงสุดของประเทศไทยให้เป็นระบบลีกแทนที่ ถ้วยพระราชทาน ก ส่วน "ถ้วย ก" ได้ถูกเปลี่ยนรูปแบบการแข่งขันมาเป็นแบบ "แชมป์ชนแชมป์" คือนำเอาแชมป์ "ไทยลีก" มาแข่งขันชิงดำนัดเดียว กับแชมป์ เอฟเอคัพ ทั้งนี้ก็เพื่อไม่ให้ถ้วยใบเก่าแก่ที่สุดขอประเทศไทยอย่าง ถ้วย ก ต้องด้อยคุณค่าลงไป แต่ถึงอย่างนั้น แชมป์ ถ้วยพระราชทาน ก ก็ไม่ได้ถูกนับว่าเป็นแชมป์ประเทศไทยอย่างเป็นทางการอีกนับตั้งแต่นั้นมา โดย สินธนา ก็ได้สิทธิ์เข้าร่วมการแข่งขัน ไทยแลนด์ซอกเกอร์ลีก ด้วย และจบฤดูกาลแรกด้วยอันดับที่ 6

ยุครุ่งเรือง

1 ปีหลังจากการก่อตั้งฟุตบอลลีกของไทย ยุครุ่งเรืองของ สินธนา ก็เริ่มต้นขึ้น เมื่อนักเตะเยาวชนของสโมสรอย่าง เศกสรรค์ ปิตุรัตน์, นิเวส ศิริวงศ์, กิตติศักดิ์ ระวังป่า, ธนัญชัย บริบาล, วิรัช วังจันทร์, ธงชัย อัครพงษ์, ศัตรูพ่าย ศรีณรงค์, สันติ ไชยเผือก, ยุทธพงษ์ บุญอำพร และ ภานุพงศ์ ฉิมผูก แข็งแกร่งพอที่จะก้าวขึ้นมาเป็นกำลังหลักของทีมร่วมกับนักเตะรุ่นพี่อย่าง สุรชัย จิระศิริโชติ, ประจักษ์ เวียงสงค์, พนิพล เกิดแย้ม และกัปตันทีมอย่าง อนัน พันแสน สินธนา จึงสามารถคว้าแชมป์ เอฟเอคัพ ในปี พ.ศ. 2540 เป็นแชมป์แรกในประวัติศาสตร์สโมสรได้สำเร็จ และต่อด้วยการคว้าแชมป์ ถ้วยพระราชทาน ก ตามมาติดๆในปีเดียวกัน อย่างไรก็ตาม สโมสรพลาดโอกาสที่จะคว้าทริปเปิลแชมป์เป็นทีมแรกของประเทศไทยไปอย่างน่าเสียดาย เมื่อพลาดท่าแพ้ให้กับ สโมสรธนาคารกรุงเทพ ในนัดสุดท้ายของ ไทยแลนด์ซอกเกอร์ลีก จึงทำให้ถูก สโมสรทหารอากาศ แซงหน้า ได้เพียงแค่รองแชมป์เท่านั้น ทั้งที่เพียงแค่เสมอก็จะคว้าแชมป์ทันที

ในปีต่อมา พ.ศ. 2541 สินธนา ได้สิทธฺ์ลงแข่งขันในฟุตบอลระดับทวีปเอเชียเป็นครั้งแรกในรายการ เอเชียนคัพวินเนอร์คัพ (ปัจจุบันรายการนี้ได้ถูกรวมเข้าไปเป็นส่วนหนึ่งของ เอเอฟซีแชมเปียนส์ลีก แล้ว) ในฐานะแชมป์ เอฟเอคัพ ของไทย โดยทีมตกรอบสองจากการพบกับ คะชิมะ แอนต์เลอร์ส ยอดทีมจากญี่ปุ่น ส่วนผลงานในลีก (ซึ่งเปลี่ยนชื่อมาเป็น "พรีเมียร์ลีก" {คาลเท็กซ์พรีเมียร์ลีก}) ก็ยังคงดีอย่างต่อเนื่อง เมื่อทีมสามารถคว้าแชมป์ได้สำเร็จในฤดูกาลที่ต้องขับเขี้ยวกันจนถึงวินาทีสุดท้าย โดย สินธนา ทำแต้มแซงหน้า ทหารอากาศ ขึ้นคว้าแชมป์ จากประตูชัยในช่วงทดเวลาบาดเจ็บนาทีที่ 92 ของ เศกสรรค์ ปิตุรัตน์ ในเกมนัดสุดท้ายของฤดูกาลกับ สโมสรบีอีซี เทโรศาสน หลังจบเกมในวันนั้น มนตรี สุวรรณน้อย ผู้ก่อตั้งทีมซึ่งดำรงตำแหน่งประธานสโมสรในขณะนั้น ได้ให้สัมภาษณ์ด้วยความดีใจว่า ความฝันของเขาที่ต้องการจะเป็นแชมป์ประเทศไทยตั้งแต่ในวันที่ก่อตั้งทีมขึ้นมาได้กลายเป็นความจริงแล้ว นอกจากนั้น ทีมยังสามารถป้องกันแชมป์ ถ้วย ก เอาไว้ได้อีกสมัยในปีเดียวกัน นับเป็นช่วงเวลาที่ สินธนา รุ่งเรืองสุดขีด

หลังจากคว้าแชมป์ประเทศไทยได้แล้ว เป้าหมายต่อไปของ สโมสรสินธนา คือการพิสูจน์ตัวเองในการแข่งขันระดับที่สูงกว่าอย่างทวีปเอเชีย หลังทำได้เพียงตกรอบสอง คัพวินเนอร์คัพ ในปีที่แล้ว ทำให้ในปีต่อมา พ.ศ. 2542 สโมสรมุ่งเน้นเป็นอย่างมากที่จะทำผลงานให้ดีในการแข่งขันฟุตบอลรายการใหญ่ที่สุดของเอเชียอย่าง เอเชียนคลับแชมเปียนชิพ (เอเอฟซีแชมเปียนส์ลีก ในปัจจุบัน) ที่ สินธนา ได้สิทธฺ์เข้าร่วมการแข่งขันในฐานะแชมป์ พรีเมียร์ลีก ของไทย โดยทีมสามารถผ่านเข้าไปถึงรอบก่อนรองชนะเลิศในการแข่งขันฟุตบอลถ้วยใหญ่ของเอเชียในปีนั้น

พ.ศ. 2543-2547

พิษจากภาวะเศรษฐกิจฟองสบู่ในประเทศไทยช่วงต้นยุค 40 เริ่มส่งผลกระทบกับ สโมสรสินธนา ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2542 เป็นต้นมา โดยหลังจากการแข่งขันฟุตบอลถ้วยใหญ่ของเอเชียสิ้นสุดลง สโมสรต้องยอมปล่อยผู้เล่นตัวหลักออกจากทีมหลายรายในปีต่อมาเพื่อลดภาระค่าใช้จ่ายของทีม อย่างไรก็ตาม นักเตะเยาวชนชุดใหม่ที่ถูกดันขึ้นมาทดแทนก็ยังมีดีพอที่จะนำทีมเข้าชิงชนะเลิศในฟุตบอลถ้วยเล็กอย่าง ควีนส์คัพ ได้อีก 2 ครั้งในปี พ.ศ. 2543 และ 2545 หลังจากที่ก่อนหน้านี้เคยทำได้ 1 ครั้งในปี พ.ศ. 2539 โดยทั้ง 3 ครั้งนั้น สินธนา พลาดท่าทำได้เพียงแค่ตำแหน่งรองแชมป์ทั้งหมด ส่วนผลงานในลีกในช่วงหลายปีนี้ นับเป็นช่วงที่ทีมขาดความคงเส้นคงวา โดยทำผลงานอยู่ในกลุ่มกลางตารางสลับกับต้องหนีตกชั้นในบางฤดูกาล จนกระทั่งมาถึงฤดูกาล 2546/47 สโมสรสินธนาประสบกับปัญหาทางการเงินอย่างหนักจนทำให้ทีมจบฤดูกาลด้วยอันดับสุดท้ายของตาราง และต้องตกชั้นลงไปเล่นในระดับ ดิวิชัน 1 เป็นครั้งแรกในปีนั้น

ยุค จุฬาฯ-สินธนา, จุฬาฯ ยูไนเต็ด และ บีบีซียู

หลังจากที่ สินธนา ตกชั้นจากลีกสูงสุดในปี พ.ศ. 2547 สโมสรก็ได้ปล่อยผู้เล่นชุดใหญ่ออกจากทีมไปแบบยกชุด และเตรียมที่จะใช้นักฟุตบอลเยาวชนลงแข่งขันในฟุตบอล ดิวิชัน 1 ฤดูกาล 2547/48 เนื่องจากสโมสรจำเป็นต้องประหยัดค่าใช้จ่ายในการทำทีม แต่ก่อนที่การแข่งขันจะเริ่มขึ้น จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ได้ยื่นมือเข้ามาเป็นพันธมิตรกับสโมสร ทีมจึงมีการปรับเปลี่ยนให้ทีมงานของ จุฬาฯ เข้ามาช่วยในการบริหารทีม และเปลี่ยนชื่อทีมเป็น "สโมสรฟุตบอลจุฬาฯ-สินธนา" อย่างไรก็ตาม ทีมต้องพบกับผลการแข่งขันที่ล้มเหลวและตกชั้นลงสู่ ดิวิชัน 2 (ต่อมาได้พัฒนาเป็น ไทยลีก 4 ในปัจจุบัน) เมื่อจบฤดูกาล

ในปีต่อมา พ.ศ. 2549 จุฬาฯ-สินธนา ได้สร้างทีมขึ้นมาใหม่อีกครั้งโดยมีเป้าหมายเพื่อกลับไปเล่นในลีกสูงสุดของเมืองไทยให้ได้ใน 2 ฤดูกาล โดยทีมสามารถคว้าแชมป์ ดิวิชัน 2 ในปีนั้น (ซึ่งเป็นปีแรกที่จัดการแข่งขัน) ได้สำเร็จ พร้อมกับได้สิทธ์เลื่อนชั้นกลับขึ้นมาเล่นใน ดิวิชัน 1 อีกครั้งในปีต่อมา และจากผลงานที่ดีอย่างต่อเนื่องของทีมชุดใหม่ที่มีนักเตะอย่าง กิตติพล ปาภูงา, วุฒิชัย ทาทอง และ ปิยะชาติ ถามะพันธ์ เป็นแกนหลัก สโมสรก็สามารถคว้าตำแหน่งรองแชมป์ ดิวิชัน 1 ฤดูกาล 2550 และได้เลื่อนชั้นกลับขึ้นสู่ลีกสูงสุดได้สำเร็จตามเป้าหมาย

พ.ศ. 2551 สโมสรได้จดทะเบียนเพื่อดำเนินกิจการในรูปแบบบริษัทจำกัด และเปลี่ยนชื่อเป็น "สโมสรฟุตบอลจุฬาฯ ยูไนเต็ด" โดยทีมได้ลงเล่นอยู่ใน ไทยพรีเมียร์ลีก 2 ปี ก็ต้องตกชั้นสู่ ไทยลีกดิวิชัน 1 อีกครั้ง

ในฤดูกาล 2554 ทีมได้มีการเปลี่ยนชื่ออีกครั้งเป็น "สโมสรฟุตบอลบีบีซียู" และสามารถคว้าอันดับ 3 ฟุตบอล ไทยลีกดิวิชัน 1 พร้อมกับได้สิทธฺ์เลื่อนชั้นกลับขึ้นสู่ ไทยพรีเมียร์ลีก ในฤดูกาล 2555