สโมสรฟุตบอลบ้านค่าย ยูไนเต็ด ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2555 และได้สิทธิลงแข่งขันฟุตบอลในรายการของสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยเป็นครั้งแรก จากการรับช่วงสิทธิในการลงแข่งขันมาจาก สโมสรฟุตบอลโรงเรียนบ้านทุ่งเค็ด ซึ่งลงแข่งขันในระดับฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข.

ฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ประเภท ข.

สโมสรส่งทีมเข้าร่วมการแข่งขันเป็นครั้งแรก ในรายการฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข. ประจำปี 2554 ( เริ่มทำการแข่งขันในช่วงต้นปี พ.ศ. 2555 )

โดยสโมสรลงแข่งขันเป็นนัดแรกเมื่อวันที่ 9 มกราคม พ.ศ. 2555 ในการแข่งขันฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทาน ข. ประจำปี 2554 ที่สนามกีฬากลางจังหวัดระยอง โดยลงแข่งขันกับ สมาคมกีฬาจังหวัดระยอง และชนะด้วยผล 3–0 ซึ่งการแข่งขันนัดดังกล่าวทำให้ วิธาน ขจรกฤดิกุล ได้รับการบันทึกว่าเป็นนักฟุตบอลคนแรกของสโมสรที่ทำประตูได้ในการแข่งขันอย่างเป็นทางการ

โดยในปีแรกที่ลงแข่งขัน สโมสรสามารถผ่านเข้าไปถึงรอบรองชนะเลิศ ก่อนจะแพ้ให้กับกรุงธนบุรี เอฟซี ตกรอบไปในที่สุด

ในการแข่งขันฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข. ประจำปี 2555 สโมสรทำผลงานในปีดังกล่าวได้ตกลงไป และผ่านเข้าไปถึงเพียงแค่รอบ 16 ทีมสุดท้ายก่อนจะตกรอบ

ต่อมาในการแข่งขันฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข. ประจำปี 2556 สโมสรกลับมาทำผลงานได้ดีและสามารถผ่านเข้าไปถึงรอบรองชนะเลิศได้อีกครั้ง โดยในรอบรองชนะเลิศที่พบกับสโมสรฟุตบอลมหาวิทยาลัยราชพฤกษ์ หลังจากเสมอกันในเวลาปกติ 2–2 และต้องหาทีมเข้าไปชิงชนะเลิศด้วยการดวลจุดโทษ ปรากฏว่าสโมสรบ้านค่าย ยูไนเต็ด ต้องพ่ายแพ้ในการดวลจุดโทษและพลาดโอกาสในเลื่อนชั้นขึ้นไปเล่นในลีกอาชีพอีกครั้งอย่างน่าเสียดาย

ปี พ.ศ. 2557 สโมสรฟุตบอลบ้านค่าย ยูไนเต็ด เข้าถึงรอบ 16 ทีมสุดท้าย ก่อนจะแพ้ให้กับสโมสรฟุตบอลกรมสวัสดิการทหารบก ที่ได้แชมป์ไปในที่สุด และในปี พ.ศ. 2558 สโมสรทำผลงานได้อย่างน่าผิดหวังเมื่อตกรอบแบ่งกลุ่มเป็นครั้งแรกนับตั้งแต่ส่งทีมลงแข่งขันในระดับถ้วย ข.

ไทยลีก อเมเจอร์ ทัวร์นาเมนต์