ฟุตบอลถ้วยพระราชทาน

สโมสรฟุตบอลมหาวิทยาลัยเกษมบัณฑิตก่อตั้งขึ้นจากทีมฟุตบอลของมหาวิทยาลัยที่เข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลระดับอุดมศึกษาในรายการต่างๆ โดยในปี พ.ศ. 2546 ได้รางวัลรองชนะเลิศฟุตบอลยูลีก ต่อมาในปีพ.ศ. 2547 สามารถคว้ารางวัลชนะเลิศฟุตบอลยูลีกแบบแบ่งกลุ่มและชนะเลิศฟุตบอลยูลีกแบบน็อคเอ้าท์

หลังประสบความสำเร็จในการแข่งขันฟุตบอลระดับอุดมศึกษา สโมสรจึงได้เข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลในรายการของสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยเป็นครั้งแรก ในการแข่งขันฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ง. และได้เลื่อนชั้นขึ้นสู่ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ค. จากนั้นได้เลื่อนชั้นขึ้นสู่ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข.

โดยในการแข่งขันฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ข 2550/51 สโมสรสามารถเข้าถึงรอบชิงชนะเลิศได้สำเร็จ และแพ้ให้กับสโมสรกีฬาราชประชาในการดวลจุดโทษ หลังเสมอกันในช่วงเวลาปกติ 2–2 ทำให้ได้ตำแหน่งรองชนะเลิศ และได้เลื่อนชั้นขึ้นไปแข่งขันในระดับลีกอาชีพเป็นครั้งแรก [1]

ลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2

หลังจากสร้างผลงานคว้าตำแหน่งรองชนะเลิศ ในการแข่งขันฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข. ทำให้สโมสรได้เลื่อนชั้นขึ้นมาแข่งขันในระดับลีกอาชีพเป็นครั้งแรกในไทยลีกดิวิชัน 2 ฤดูกาล 2551

โดยสโมสรลงแข่งขันในระดับลีกอาชีพเป็นนัดแรกเมื่อวันที่ 30 มีนาคม พ.ศ. 2551 ในการแข่งขันดิวิชัน 2 นัดที่แพ้ให้กับสโมสรฟุตบอลจังหวัดลพบุรี 0–1[2] และจบฤดูกาลแรกด้วยอันดับ 3 ของสาย B

ในฤดูกาล 2552 เป็นฤดูกาลแรกที่ลีกดิวิชัน 2 แบ่งการแข่งขันออกเป็นลีกภูมิภาค โดยสโมสรฟุตบอลมหาวิทยาลัยเกษมบัณฑิตถูกจัดให้อยู่ในโซนกรุงเทพและปริมณฑล และสามารถทำผลงานได้อย่างยอดเยี่ยมจนมีลุ้นเข้าไปเล่นในรอบสุดท้าย แต่ก็ต้องพลาดหวังเมื่อทำได้เพียงแค่จบฤดูกาลด้วยอันดับ 2 ของโซนกรุงเทพและปริมณฑล

ต่อมาสโมสรมีผลงานตกต่ำลงไปโดยได้อันดับ 8 ในฤดูกาล 2553 และได้อันดับ 15 ซึ่งเป็นอันดับรองสุดท้ายในฤดูกาล 2554

ฤดูกาล 2555 สโมสรเริ่มพัฒนาผลงานขึ้นมา ก่อนจะจบฤดูกาลด้วยอันดับ 14 , อันดับ 7 ในฤดูกาล 2556 , อันดับ 11 ในฤดูกาล 2557 และอันดับ 5 ในฤดูกาล 2558

ฤดูกาล 2559 สโมสรย้ายมาแข่งขันในโซนกรุงเทพตะวันออก และสามารถคว้าอันดับ 4 ของโซนมาได้สำเร็จ ทำให้ได้เลื่อนชั้นขึ้นไปแข่งขันในระดับไทยลีก 3

ไทยลีก 3

ฤดูกาล 2561 สโมสรแข่งขันในไทยลีก 3 โซนตอนล่าง ได้อันดับที่ 11

ฤดูกาล 2562 สโมสรแข่งขันในไทยลีก 3 โซนตอนล่าง ได้อันดับที่ 8