ก่อนมีการจัดตั้งสโมสรฟุตบอลของกองทัพเรือนั้น กองทัพไทยได้จัดให้มีการแข่งฟุตบอลเป็นการภายในอยู่ก่อนแล้ว โดยกองทัพเรือมีเสนาบดีกระทรวงทหารเรือและผู้บัญชาการทหารเรือท่านต่างๆ เป็นผู้ให้การสนับสนุนโดยตลอด ดังปรากฏว่า พลเรือเอก พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงสิงหวิกรมเกรียงไกร ได้ให้การสนับสนุนฟุตบอลภายในกองทัพเป็นอย่างดีโดยเฉพาะนักเตะจากโรงเรียนนายเรือจนได้แชมป์ถ้วยทองหลวงในปี พ.ศ. 2458 ก่อนจะมาได้แชมป์ถ้วย ก. 2 สมัยในปี พ.ศ. 2466 และ 2467 ในสมัยพลเรือเอก พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงชุมพรเขตอุดมศักดิ์ ทรงเป็นเสนาบดีกระทรวงทหารเรือ ต่อมากองทัพเรือไทยจึงได้จัดตั้งสโมสรฟุตบอลราชนาวีสโมสรขึ้น เมื่อวันที่ 10 มกราคม พ.ศ. 2499[1]

เนื่องจากสโมสรฟุตบอลราชนาวีสโมสรขาดแคลนงบประมาณในการดึงตัวนักฟุตบอลฝีมือดีมาร่วมทีมเช่นเดียวกับทีมฟุตบอลของเหล่าทัพอื่น จึงต้องใช้นักฟุตบอลที่เป็นทหารอาชีพล้วนลงแข่งขัน ผลงานของทีมนี้จึงไม่คงที่ มีการเลื่อนชั้นสลับกับตกชั้นระหว่างฟุตบอลดิวิชั่น 1 และไทยลีกมาโดยตลอด อย่างไรก็ตาม สโมสรฟุตบอลแห่งนี้ยังเคยคว้าแชมป์ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานควีนส์คัพครั้งที่ 32 ในปี พ.ศ. 2549 มาครองได้สำเร็จ

ในการแข่งขันฟุตบอลไทยพรีเมียร์ลีก ฤดูกาล 2552 สโมสรฟุตบอลราชนาวีสโมสรได้สิทธิกลับมาแข่งขันในฟุตบอลไทยพรีเมียร์ลีกอีกครั้ง จากการทำผลงานได้สูงสุดเป็นอันดับ 3 ในไทยลีกดิวิชัน 1 โดยปีนี้สโมสรได้มีการไปร่วมทุนกับองค์การบริหารส่วนจังหวัดระยองจดทะเบียนเป็นนิติบุคคลในชื่อ "ราชนาวี-ระยอง" เพื่อให้สามารถส่งทีมเข้าร่วมแข่งขันได้ตามข้อกำหนดของเอเอฟซี โดยใช้สนามกีฬากลางจังหวัดระยองเป็นสนามเหย้า ภายใต้การบริหารจัดการของบริษัท ระยองไทยพรีเมียร์ จำกัด ในฉายา "ม้านิลมังกร" สามารถขึ้นไปถึงลำดับที่ 12 ของตารางไทยพรีเมียร์ลีก และในฤดูกาล 2553 ราชนาวี-ระยอง ยังคงรั้งอยู่อับดับ 11 ในไทยพรีเมียร์ลีก แต่เมื่อจบฤดูกาล หมดสัญญากับจังหวัดระยอง กองทัพเรือดึงสิทธิ์ไปทำทีมเอง ในฤดูกาล 2554 ภายใต้การบริหารของบริษัท สยามนาวี ลีค คลับ กลับไปใช้ชื่อทีม "ราชนาวี" เหมือนเดิม และปรับปรุงสนามกีฬากองทัพเรือ กม.5 สัตหีบ เป็นสนามเหย้า จบฤดูกาล "ตะหานน้ำ" ก็ร่วงไปเล่นในไทยลีกดิวิชัน 1 อีกครั้ง เพราะทำได้เพียงอันดับที่ 16 เท่านั้น

พ.ศ. 2558 สโมสรฟุตบอลราชนาวีได้กลับขึ้นสู่ไทยพรีเมียร์ลีกอีกครั้ง หลังจากได้อันดับ 3 ในไทยลีกดิวิชัน 1 2557 ซึ่งในไทยพรีเมียร์ลีกฤดูกาล 2558 พลเรือโทประพฤติพร อักษรมัต (ยศขณะนั้น) ประธานสโมสรราชนาวี เปิดตัวทีมสู้ศึกด้วยแคมเปญ "NAVY SMART TEAM" และเป็นที่ฮือฮาเมื่อปรากฏข่าวสโมสรแห่งนี้ได้รับการฝึกจากหน่วยทำลายใต้น้ำจู่โจม (ประเทศไทย) โดยเป็นการฝึกให้นักกีฬาได้มีจิตใจเข้มแข็งและมีสมาธิก่อนเข้าร่วมการแข่งขันไทยลีกคัพ[2][3] ในไทยพรีเมียร์ลีก สโมสรฟุตบอลราชนาวีภายใต้การฝึกสอนของสุรศักดิ์ ตังค์สุรัตน์ จบเลคแรกไม่ค่อยสวยนัก เลคหลังสโมสรตัดสินใจดึงโค้ชอาจหาญ ทรงงามทรัพย์ให้คัมแบ็คมาคุมทีมเต็มตัว ประเดิมเปิดบ้านเสมอกับ แบงค็อก ยูไนเต็ด ไปอย่างสนุกด้วยสกอร์ 2 - 2 แต่เมื่อบุกไปแพ้ให้กับ เอสซีจี เมืองทอง ยูไนเต็ด ถึง 7 - 0 อาจหาญ ทรงงามทรัพย์ ก็แสดงความรับผิดชอบโดยการลาออกหลังจากเกมดังกล่าว ต่อมาสโมสรก็ได้เปิดตัวสเตฟาโน คูกูรา อดีตหัวหน้าผู้ฝึกสอนของโอสถสภา เอ็ม-150 เข้าเป็นหัวหน้าผู้ฝึกสอนคนใหม่ของสโมสรฟุตบอลราชนาวี สร้างผลงานฮือฮาเมื่อสโมสรฟุตบอลราชนาวีชนะติดต่อกัน 4 นัดซ้อน ทำให้อันดับในตารางดีขึ้น แต่ก็อยู่ในโซนหนีตกชั้นจนจบฤดูกาล 2558 โดยนัดสุดท้ายเปิดบ้านเอาชนะทีมอาร์มี่ ยูไนเต็ด (ทีมอันดับ 10) ด้วยจำนวนประตู 2 - 1 รั้งอันดับ 15 (จาก 18 ทีม) ยังคงยืนหยัดอยู่ในไทยพรีเมียร์ลีก ต่อไปอีกฤดูกาล

หลังจากพีทีที ระยองในไทยลีกและไทยฮอนด้าในไทยลีก 2 ไม่ส่งทีมเข้าแข่งขันในฤดูกาล 2563 สมาคมฟุตบอลฯ มีมติให้คงจำนวนทีมในไทยลีกและไทยลีก 2 เป็น 16 และ 18 ทีมตามเดิมเพื่อให้จำนวนทีมเหมาะสมและเอื้อต่อลิขสิทธิ์การถ่ายทอดสด ทำให้สุพรรณบุรีที่จบฤดูกาลด้วยอันดับที่ 14 ในไทยลีกยังคงแข่งขันในไทยลีกต่อไป ส่วนราชนาวีที่จบฤดูกาลในอันดับที่ 16 ในไทยลีก 2 ฤดูกาล 2562 ยังคงแข่งขันในไทยลีก 2 เช่นกัน ในขณะที่อุบล ยูไนเต็ดซึ่งเป็นสโมสรที่ดีที่สุดเป็นอันดับสองในกลุ่มตกชั้นนั้นไม่ผ่านคลับไลเซนซิงและถูกปรับตกชั้นไปแข่งขันในไทยลีก 4 ทำให้สิทธิ์การแข่งขันในไทยลีก 2 ฤดูกาล 2563 ตกเป็นของอยุธยา ยูไนเต็ด[4][5]