สโมสรฟุตบอลจังหวัดสุพรรณบุรี เริ่มต้นมาจากการต่อยอดให้นักเตะเยาวชนจากจังหวัดสุพรรณบุรี ที่สามารถคว้าแชมป์การแข่งขันกีฬาเยาวชนแห่งชาติ ครั้งที่ 12 (พ.ศ. 2539) ที่จังหวัดกำแพงเพชร ที่ประกอบด้วยผู้เล่นชาวสุพรรณบุรีโดยกำเนิด อาทิ คำภีร์ ปิ่นฑะกูล, กฤษณะ ภูผา และสถาพร วาจาขำ (ปัจจุบันรับบทบาทผู้ช่วยโค้ชให้กับทีมสุพรรณบุรี) ทำให้บรรหาร ศิลปอาชา ซึ่งขณะนั้นดำรงตำแหน่งนายกสมาคมกีฬาจังหวัดสุพรรณบุรี มอบหมายให้เกรียง นักพาณิชย์ ก่อตั้งสโมสรขึ้นในปี 2540 เพื่อให้นักเตะชุดนี้ได้ลงทำการแข่งขันฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ง. โดยใช้สิทธิ์ของสมาคมกีฬาจังหวัดสุพรรณบุรีลงทำการแข่งขัน และใช้ชื่อทีมว่า “สโมสรฟุตบอลจังหวัดสุพรรณบุรี” มีสัญลักษณ์เป็นรูปประตูเมือง ตรงกลางเป็นรูปลูกบอลและมีแผนที่จังหวัดสุพรรณบุรีอยู่ด้านใน สีประจำทีมคือ สีส้มและสีกรมท่า และได้รับฉายานามว่า "ทีมขุนแผนสุพรรณฯ" ซึ่งในขณะนั้น ชนะ ยอดปรางค์ เป็นผู้ฝึกสอนของทีม

ต่อมาในปี 2542 สโมสรฟุตบอลจังหวัดสุพรรณบุรี ได้เข้าร่วมโปรวินเชียลลีกของสมาคมกีฬาแห่งประเทศไทย โดยผลงานในลีกฤดูกาลแรก สุพรรณบุรีจบฤดูกาลในฐานะรองแชมป์ ต่อมาในปี 2545 สุพรรณบุรีคว้าแชมป์โปรลีกได้สำเร็จ ต่อมาในโปรลีก 2546 สโมสรได้เปลี่ยนชื่อทีมเป็น "สุพรรณบุรี วอร์ริเออร์" และจบฤดูกาลในฐานะรองแชมป์ และสามารถคว้าแชมป์ได้ในปี 2547 และรองแชมป์ในปี 2548 ทำให้ได้สิทธิ์ลงเล่นในไทยแลนด์พรีเมียร์ลีก ฤดูกาล 2549 โดยสถิติการลงเล่นในโปรวินเชียลลีกนั้น ชนะเลิศถึง 2 ครั้ง และรองชนะเลิศ 4 ครั้ง

ในลีกสูงสุดฤดูกาลแรก สุพรรณบุรี วอร์ริเออร์ ได้เปลี่ยนชื่อทีมเป็น “สุพรรณบุรี เอฟซี” และมีฉายาว่า “ช้างศึกยุทธหัตถี” ต่อมาในฤดูกาล 2554 บรรหาร ศิลปอาชา ได้เข้ามาทำทีมในตำแหน่งประธานที่ปรึกษาของสโมสร และมอบหมายให้วราวุธ ศิลปอาชา บุตรชายของเขา เป็นประธานสโมสรฟุตบอลสุพรรณบุรี โดยมีบุญชู จันทร์สุวรรณ เป็นประธานสโมสรกิตติมศักดิ์ และใช้สนามกีฬากลางจังหวัดสุพรรณบุรีเป็นสนามเหย้า แทนที่สนามเดิมคือโรงเรียนกีฬาจังหวัดสุพรรณบุรี

ในไทยพรีเมียร์ลีก ฤดูกาล 2558 สุพรรณบุรีจบฤดูกาลด้วยอันดับที่สาม ทำให้ได้สิทธิ์ไปแข่งขันเอเอฟซีแชมเปียนส์ลีก รอบคัดเลือก ในฤดูกาล 2559 อย่างไรก็ตาม สนามเหย้าของสโมสรไม่ผ่านการรับรองมาตรฐานของเอเอฟซี ส่งผลให้ชลบุรีซึ่งจบฤดูกาลด้วยอันดับที่ 4 ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขันแทน

ในไทยลีก ฤดูกาล 2562 ซึ่งมีสโมสรเข้าร่วมแข่งขัน 16 สโมสร สุพรรณบุรีจบอันดับที่ 14 ของตาราง โดยปกตินั้นจะต้องตกชั้นลงไปเล่นในไทยลีก 2 ฤดูกาล 2563 แต่เนื่องจากสโมสรฟุตบอลพีทีที ระยองได้ประกาศขอพักทีมในฤดูกาล 2563 และตามกฎระเบียบของการแข่งขันไทยลีก ระบุเอาไว้ว่าหากมีสโมสรใดสโมสรหนึ่งตัดสินใจไม่ส่งทีมเข้าแข่งขันก็จะทำให้จำนวนทีมตกชั้นลดลงไป ดังนั้นทำให้จากเดิมที่จะตกชั้น 3 ทีม ก็จะเหลือแค่ 2 ทีมเท่านั้น[1]

• ประวัติสัญลักษณ์ของสโมสร
• (2546-2547)
• (2548-2553)
• (2556-2557)
• (2558-)