สโมสรศุลกากร ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2497 โดยมีจุดประสงค์เพื่อให้พนักงานในองค์กรมีสุขภาพแข็งแรง และต้องการมีส่วนร่วมในการพัฒนาวงการกีฬาไทย สโมสรเคยส่งทีมเข้าร่วมแข่งขันชิงถ้วยพระราชทาน "ถ้วยน้อย" ซึ่งจัดโดย สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ เมื่อ พ.ศ. 2511 แต่ไม่ประสบความสำเร็จ จึงได้ยุติมิได้ส่งทีมฯ เข้าร่วมแข่งขันอีกเลย [1]

จวบจนเมื่อ พ.ศ. 2536 ได้มีการจัดการแข่งขันฟุตบอลศุลกากรระหว่างประเทศขึ้น โดยมี ฮ่องกง เป็นเจ้าภาพการแข่งขันครั้งแรก โดยทีมฟุตบอล สโมสรศุลกากร จึงได้ส่งทีมและเข้าร่วมแข่งขันตลอดมาตั้งแต่ครั้งแรกจนถึงปีปัจจุบัน[1]

ก้าวสู่วงการลูกหนังแบบเต็มตัว

ต่อมา สโมสรฯ ได้สมัครเข้าเป็นสมาชิกของสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ในปี พ.ศ. 2541 [1] และได้ส่งทีมเข้าร่วมแข่งขัน ฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ทุกชั้น ทั้ง ถ้วย ง., ถ้วย ค. และ ถ้วย ข. ตามระบบคัดกรอง นอกจากนั้นยังได้เข้าร่วมแข่งขันฟุตบอลกระทรวงและการแข่งขันทุกรายการที่มีโอกาส โดยในปีแรกที่ส่งทีมเข้าแข่งขัน สโมสรทำผลงานได้ดีจนคว้าตำแหน่งชนะเลิศ "ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ง." ได้ทันที ทำให้ทีมได้รับการจับตามองมากขึ้น และในปีเดียวกัน สโมสรยังชนะเลิศ "ฟุตบอลศุลกากรระหว่างประเทศ ครั้งที่ 6" ซึ่งจัดขึ้นที่ ฮ่องกง ได้อีกด้วย ก่อนปีต่อมาจะชนะเลิศการแข่งขันนี้ใน ครั้งที่ 7 ซึ่งจัดขึ้นที่ประเทศไทย

ไต่เต้าสู่ลีกสูงสุด

ในช่วงเวลาระหว่าง พ.ศ. 2543 - พ.ศ. 2545 สโมสรฯ มีผลงานในสนามที่ดีขึ้น จนเป็นที่จับตามองอย่างมาก โดยในระหว่างนั้น สโมสรกรมศุลกากร ได้ประสบความสำเร็จในการแข่งขันต่างๆมากมาย อาทิ [1]

• ชนะเลิศ ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ค. ปี พ.ศ. 2543
• ชนะเลิศฟุตบอลศุลกากรระหว่างประเทศ ปี พ.ศ. 2544 ที่ มาเก๊า
• ชนะเลิศกีฬาฟุตบอลข้าราชการพลเรือน ปี พ.ศ. 2545
• ชนะเลิศฟุตบอลข้าราชการพลเรือน ปี พ.ศ. 2545
• ชนะเลิศฟุตบอลศุลกากรลุ่มแม่น้ำโขง ปี พ.ศ. 2545 ที่ จังหวัดเชียงใหม่

ก่อนจะมาพลาด ได้แค่รองชนะเลิศฟุตบอลศุลกากรระหว่างประเทศ ปี พ.ศ. 2545 ที่ สาธารณรัฐประชาชนจีน แต่นั่นก็ไม่ได้ทำให้สโมสรกรมศุลกากร ผลงานแผ่วไปนัก

สู่ลีกสูงสุด

สโมสรกรมศุลกากรได้รองชนะเลิศในการแข่งขัน ฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ข. พร้อมกับสิทธิ์ได้เลื่อนชั้นสู่ลีกรองของประเทศอย่าง "ดิวิชั่น 1" ทันที ในปี พ.ศ. 2547 แถมยังหนีบถ้วยชนะเลิศฟุตบอลภายใน กระทรวงการคลัง (วายุภักษ์เกมส์) พ.ศ. 2547 อีกด้วยสโมสรกรมศุลกากร ใช้เวลาอยู่ในลีกดิวิชั่น 1 เพียง 3 ปี ก่อนจะชนะเลิศการแข่งขัน พร้อมกับเลื่อนชั้นไปเล่นใน "ไทยแลนด์พรีเมียร์ลีก" ได้สำเร็จ ในปี พ.ศ. 2552 แต่ทว่าผลงานของสโมสรฯ ไม่ดีนัก โดยจบด้วยอันดับที่ 16 มีเพียง 20 คะแนน จาก 30 นัด ตกชั้นพร้อมกันกับ ยอดทีมอย่าง ธนาคารกรุงเทพ และ ทหารบก ในที่สุด

หลังจากตกชั้น

หลังจากการตกชั้นในปี 2552 สโมสรฯ ก็ได้ทำการเปลื่ยนชื่อเป็น สมาคมสโมสรสุวรรณภูมิ ศุลกากร ซึ่งทำผลงานได้ดี โดยได้อันดับที่ 7 เกือบที่จะได้ร่วมเพลย์ออฟเลื่อนชั้น เนื่องจากในฤดูกาลนั้น ทาง ไทยพรีเมียร์ลีก ต้องการเพิ่มทีม เป็น 18 ทีม ภายหลังในฤดูกาล 2554 สโมสรกรมศุลกากรได้จับมือเป็นพันธมิตรกับ จังหวัดสมุทรปราการ จึงได้เปลื่ยนชื่อมาเป็น สโมสรฟุตบอลสมุทรปราการ ศุลกากร ยูไนเต็ด โดยที่ทีมบริหารทั้งหมดยังเป็นของกรมศุลกากร และมีเป้าหมายคือ ปฏิเสธการซื้อผู้เล่นที่ราคาแพงเกินจริง เพื่อสวนทางกับระบบทำลายเพดานเงินเดือนของทีมใหญ่ๆในไทยพรีเมียร์ลีก และดิวิชั่น 1 และเน้นสร้างผู้เล่นดาวรุ่งสู่ทีมชุดใหญ่ วางรากฐานระบบจัดการแบบมืออาชีพ[2] ซึ่งเพราะเหตุผลนี้ ทำให้ผลงานของทีมไม่ดีนัก จนตกชั้นไปเล่น ลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 ในปี 2554

สู่ไทยลีก 3

หลังจากที่เล่นในดิวิชั่น 2 มาเป็นเวลาถึง 5 ปี โดยลงแข่งขันในโซนกรุงเทพฯ และปริมณฑล ใน ดิวิชั่น 2 ฤดูกาล 2559 ในโซน สโมสรฯ ทำผลงานจบด้วยอันดับที่ 2 ของสาย ทำให้ผ่านเข้ารอบแชมเปี้ยนลีก แต่แพ้ สโมสรราชประชา จากการดวลจุดโทษ ทำให้ไม่สามารถเข้าไปเล่นใน ไทยลีก 2 อย่างไรก็ดีด้วยนโยบายของ สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ที่จะจัดตั้งลีกระดับ 3 แทนที่ ทำให้สโมสรได้ลงเล่นใน ไทยลีก 3 โซนตอนล่างของประเทศในปี 2560ต่อมาในฤดูกาล 2561 สโมสรสามารถจบอันดับที่ 1 และเลื่อนชั้นสู่ ไทยลีก 2 ได้สำเร็จ