คอกระดูกเชิงกายวิภาคของกระดูกต้นแขน (anatomical neck; ละติน: collum anatomicum) อยู่ในแนวเฉียง เกิดเป็นมุมป้านกับส่วนกลางของกระดูก จะเห็นได้เด่นชัดที่สุดทางครึ่งล่างของเส้นรอบคอกระดูก ครึ่งบนของคอกระดูกจะเห็นเป็นร่องแคบๆ ที่แยกระหว่างส่วนหัวกระดูกและปุ่มกระดูก คอกระดูกนี้เป็นที่ยึดเกาะของแคปซูลข้อต่อของข้อต่อไหล่ และยังมีช่องสำหรับหลอดเลือดเข้ามาเลี้ยงอีกมากมาย บริเวณนี้มักไม่ค่อยเกิดกระดูกหัก

คอกระดูกเชิงกายวิภาคมีลักษณะเป็นขอบขรุขระ ซึ่งเป็นขอบปลายสุดที่ปลอกหุ้มข้อต่อไหล่เข้ามายึดเกาะ