หงสาจอมราชันย์ เป็นเรื่องที่ดัดแปลงมาจากวรรณกรรมสามก๊กของ หลอ กว้านจง เนื่องจากบันทึกสามก๊กหลายส่วนมีความคลุมเครือ จึงเป็นช่องให้มีการเสริมแต่งเรื่องราวได้จากการอ้างอิงประวัติศาสตร์ เช่น การที่สกุลพ่อค้าที่ทรงอิทธิพล จะชุบเลี้ยงกองทหารและมือสังหาร ในเรื่องจึงให้สกุลสุมามีกลุ่มมือสังหารชื่อซากทัพ ซึ่งรับคนพิการให้มาฝึกเป็นสมาชิก และคอยกระทำการเบื้องหลังประวัติศาสตร์ เช่น การลอบสังหารบุคคลสำคัญ

นอกจากนั้นยังมีการสร้างเรื่องราวว่ากุนซือผู้โด่งดังในยุคนั้น ล้วนแต่เป็นศิษย์ของสุมาเต็กโชผู้เปิดสำนักคันฉ่องวารี โดยมีผู้ที่ความสามารถสูงสุด 8 คน มีชื่อเสียงโด่งดังว่า 8 พิสดาร ได้แก่ อ้วนปึง (ตัวละครที่สร้างขึ้นใหม่ให้เป็นกุนซือของอ้วนเสี้ยว) ซุนฮก กาเซี่ยง กุยแก จิวยี่ บังทอง ขงเบ้ง และสมาชิกคนที่แปดที่ยังไม่เผยตัว ซึ่งกุนซือเหล่านี้ต่างก็แยกย้ายไปรับใช้นายของตน หรือให้คำแนะนำและการสนับสนุนแผนการในเหตุการณ์ต่าง ๆ

เรื่องราวเริ่มขึ้นในช่วงการเข้ายึดเมืองหลวงของตั๋งโต๊ะ โดยเปิดประเด็นไปที่กุนซือของตั๋งโต๊ะชื่อฮือหลิน เดินทางมาสกุลสุมาพ่อค้าที่ทรงอิทธิพลในเมืองโห้ลาย เพื่อเจรจา (ข่มขู่) ให้สนับสนุนตั๋งโต๊ะ สุมาอี้คุณชายรองของสกุลสุมาตระกูลเศรษฐีพอค้า จึงแอบทำการว่าจ้างกลุ่มนักฆ่าซากทัพ ให้ดำเนินภารกิจลอบสังหารฮือหลิน และเป็นจุดเริ่มเรื่องที่สร้างบุญคุณความแค้นต่อตั๋งโต๊ะและลิโป้ ที่สร้างเรื่องราวซับซ้อนต่อมา เช่น สุมาล่งพี่ชายของสุมาอี้รับราชการในเมืองหลวง จึงถูกตั๋งโต๊ะคุมขัง ขบวนการซากทัพส่งสมาชิกชื่อเสี่ยวม่านปลอมตัวเป็นเตียวเสี้ยนเข้ามาเป็นสายลับ และเหลี่ยวหยวนหว่อผู้นำแห่งซากทัพปลอมตัวในชื่อเตียวหุน(เตียวหยุน) เพื่อช่วยสุมาล่ง และได้พบกับเล่าปี่ หลังจากนั้นซากทัพก็ส่งเตียวเสี้ยนปลอมตัวมาเป็นบุตรีบุญธรรมของอ้องอุ้นและร่วมมือกับลิโป้ในการสังหารตั๋งโต๊ะ

เนื้อเรื่องเริ่มจากความสัมพันธ์ฉันท์มิตรที่สนิทสนมของสุมาอี้และเหลี่ยวหยวนหว่อ จนกระทั่งเกิดความไม่ลงรอย เหตุการณ์แตกหัก จนถึงช่วงเวลาที่สุมาอี้ได้ไปรับใช้โจโฉ ขณะที่เหลี่ยวหยวนหว่อทิ้งชื่อตัวเองเพื่อไปรับใช้เล่าปี่ แต่มีการดำเนินเรื่องไปหลากหลายทิศทางในที่ต่าง ๆ แบ่งเป็นช่วงคร่าว ๆ ดังนี้

• ช่วงเวลาเรืองอำนาจของตั๋งโต๊ะ
• การก้าวขึ้นสู่อำนาจของโจโฉ
• เล่าปี่เข้าช่วยซีจิ๋วจากการรุกรานของโจโฉ
• ซุนเซ็กขึ้นมีอิทธิพลเหนือกังตั๋ง
• ศึกระหว่างลิโป้และโจโฉที่ซีจิ๋ว
• จุดจบของซุนเซ็กและอิเกียด
• ศึกแห่งกัวต๋อระหว่างโจโฉกับอ้วนเสี้ยว (ฉบับล่าสุด)