หนอนบำบัด (อังกฤษ: Maggot therapy [แม็กกอต เทอราปี]) เป็นวิธีการรักษาบาดแผลด้วยหนอนแมลงวัน (Maggot) บางชนิด โดยให้ตัวหนอนกัดกินเนื้อเยื่อที่ตายแล้วบริเวณบาดแผล ด้วยธรรมชาติของหนอนแมลงวันบางชนิดจะกินเฉพาะเนื้อเยื่อที่ตายแล้วเท่านั้น ไม่กินเนื้อเยื่อที่ยังมีชีวิตอยู่ (แต่บางชนิดจะกลับกัน)หนอนบำบัดเป็นหนึ่งในวิธีการรักษาที่มนุษย์ค้นพบมานับพันปีแล้ว โดยชนเผ่าอะบอริจิ้น ในประเทศออสเตรเลีย เป็นมนุษย์กลุ่มแรกที่ค้นพบการนำหนอนแมลงวันมาใช้ทำความสะอาดแผลหนองหรือแผลเน่าติดเชื้อการใช้หนอนบำบัดเป็นที่นิยมในช่วงก่อนที่จะมีการค้นพบยาปฏิชีวนะ และเสื่อมความนิยมลงไป ก่อนจะเริ่มกลับมาได้รับความนิยมใหม่อีกครั้งเมื่อปี ค.ศ. 1995 ในประเทศเยอรมนี เพื่อรักษาแผลเรื้อรังของผู้ป่วยโรคเบาหวาน รวมทั้งแผลเรื้อรังจากสาเหตุอื่น ๆ เช่น แผลไฟไหม้. ในปัจจุบัน หนอนบำบัดกลับมาแพร่หลายอีกครั้งในทวีปยุโรปและอเมริกา