นครนี้มีชื่ออื่นอีกหลายชื่อ และชื่อโบราณบางชื่อปัจจุบันใช้เป็นชื่อเขตต่าง ๆ ในนครนี้ ในบรรดาชื่อเหล่านี้มีชื่อ เจียงหนิง (江寧) อยู่ด้วย อักษร "เจียง" (江) นี้หมายถึง "ฉางเจียง" ("แม่น้ำยาว") เป็นอักษรเดียวกับในพยางค์ต้นของชื่อ "เจียงซู" (江苏) ส่วนอักษร "หนิง" (寧) แปลว่า "สันติ" ย่อมาจากคำว่า "นานจิง" เอง ต่อมาเมื่อนครนี้ได้เป็นเมืองหลวงของรัฐ เช่น ในช่วงสาธารณรัฐจีน ก็ใช้อักษร "จิง" (京) ที่แปลว่า "เมืองหลวง" เป็นคำย่อชื่อ "นานจิง" แทน

นครนี้ได้เป็นเมืองหลวงแห่งชาติจีนครั้งแรกสุดเก่าแก่ถึงสมัยราชวงศ์จิ้น แต่ชื่อ หนานจิง ซึ่งหมายถึง เมืองหลวงทางใต้ ("หนาน" แปลว่า ใต้ และ "จิง" แปลว่า เมืองหลวง) ได้รับการกำหนดขึ้นอย่างเป็นทางการสำหรับนครนี้ในช่วงราชวงศ์หมิง ราว 600 หลังราชวงศ์จิ้น

หนานจิงยังเป็นที่รู้จักด้วยชื่อ จินหลิง (金陵; "ภูเขาทอง") ชื่อเก่านี้ใช้มาตั้งแต่สมัยราชวงศ์โจวแห่งยุครณรัฐ