การฝึกในหลักสูตรนักทำลายใต้น้ำจู่โจม ใช้ระยะเวลาประมาณ 7-8 เดือน นับเป็นการฝึกหลักสูตรทางทหารที่มีระยะเวลานานที่สุดของไทย แบ่งออกเป็น 5 ช่วง ได้แก่

1. การแนะนำการฝึกเบื้องต้น ฝึกการออกกำลังกายและการฝ่าอุปสรรคต่าง ๆ ใช้เวลาประมาณ 3 สัปดาห์
2. การฝึกจริง ใช้เวลาประมาณ 6 สัปดาห์
3. การฝึกแบบเข้มข้น หรือเรียกว่า "สัปดาห์นรก" ใช้เวลา 120 ชั่วโมงโดยไม่มีการหยุดพัก
4. การฝึกสอนยุทธวิธีต่าง ๆ
5. การฝึกยุทธวิธีในสภาพจริง ใช้เวลาประมาณ 2 เดือน

เมื่อสำเร็จหลักสูตรจะได้ประดับตราความสามารถ ซึ่งออกแบบโดย พลเรือโท พัน รักษ์แก้ว โดยส่วนประกอบของตรามีความหมายดังนี้

• ปลาฉลาม สีขาวหรือสีน้ำเงิน หมายถึงจ้าวแห่งท้องทะเล ดุร้าย น่าเกรงขาม สง่างาม แข็งแกร่ง
• คลื่น หมายถึง ความน่ากลัวของทะเลที่มีเกลียวคลื่นตลอดเวลา หรืออุปสรรคของคลื่นหัวแตก แต่ฉลามก็ไม่ได้หวั่นเกรง
• สมอเรือ หมายถึง ทหารเรือ ในอดีตหลักสูตรจะรับเฉพาะทหารเรือเท่านั้น แต่ในปัจจุบันทางหน่วยได้รับทหารบก ทหารอากาศ และตำรวจเพิ่มด้วย
• ธงชาติ หมายถึง การยอมพลีเพื่อชาติ ศาสนา พระมหากษัตริย์

กฎสำคัญของนักเรียนนักทำลายใต้น้ำจู่โจม คือ มีจิตใจเข้มแข็ง กล้าเผชิญหน้าต่อปัญหาต่าง ๆ ตัดสินใจด้วยความเด็ดขาด รวดเร็ว แม่นยำ ถูกต้อง เอาตัวเองรอดได้โดยไม่ทิ้งเพื่อน และมีความจงรักภักดีต่อชาติ ศาสนา พระมหากษัตริย์