ในระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 2 กองกำลังทางเรือของทั้งฝ่ายพันธมิตรและฝ่ายอักษะ ต่างก็ได้ส่งหน่วยรบพิเศษซึ่งเป็นหน่วยรบขนาดเล็กที่ได้รับการฝึก ให้มีขีดความสามารถเหนือทหารทั่วไปเข้าปฏิบัติการทำลายกองเรือและสถานที่สำคัญทางยุทธศาสตร์ของฝ่ายตรงข้าม ทำการก่อวินาศกรรมและปฏิบัติการลับอื่น ๆ ซึ่งผลการปฏิบัติของแต่ละฝ่ายต่างก็สร้างความเสียหายให้กับฝ่ายตรงข้ามเป็นอย่างมาก แม้ว่าสงครามจะสิ้นสุดลงแล้วแต่ภารกิจของหน่วยรบพิเศษก็ไม่ได้จบสิ้นไปด้วย ตรงกันข้ามกลับได้รับการพัฒนาอย่างต่อเนื่อง ทั้งด้านองค์บุคคล องค์วัตถุและองค์ยุทธวิธี สำหรับประเทศไทย ในปี พ.ศ. 2495 กระทรวงกลาโหม ได้มีความคิดที่จะจัดตั้งหน่วยทำลายใต้น้ำขึ้น และได้เชิญผู้แทนเหล่าทัพกับกรมตำรวจไปประชุม เรื่อง การจัดตั้งหน่วยฝึกว่ายน้ำ ร่วมกับ จนท.ทร.สหรัฐฯ ประจำหน่วย MAAG (Military Assistance Advisory Group) การประชุมคราวนั้นที่ประชุมมีมติให้ กองทัพเรือ เป็นผู้รับผิดชอบดำเนินการจัดตั้งหน่วยฝึก และจากการหารือระหว่าง กองทัพเรือ กับ MAAG ซึ่งได้แนวความคิดในการจัดตั้งหน่วยฝึก

เมื่อเร็ว ๆ นี้ หน่วยซีลได้กรีธาพลไปกับเรือรบของกองทัพเรือไทยเพื่อปฏิบัติการต่อต้านการกระทำอันเป็นโจรสลัดในโซมาเลียในอ่าวเอเดนนอกชายฝั่งประเทศโซมาเลีย โดยเป็นส่วนหนึ่งของกองกำลังเฉพาะกิจผสมทางเรือที่ 151[6][7]

พ.ศ. 2558 หน่วยบัญชาการสงครามพิเศษทางเรือ เป็นผู้ให้การฝึกแก่นักกีฬาสโมสรฟุตบอลราชนาวี ก่อนเข้าร่วมการแข่งไทยลีกคัพ[8] และในช่วงกลางปี พ.ศ. 2561 หน่วยนี้ยังเป็นส่วนหนึ่งในปฏิบัติการค้นหาและกู้ภัยถ้ำหลวง[9]