กองทัพเรือในเนโทและเครือจักรภพแห่งประชาชาติหลายชาติตกลงกันทีจะใช้งานระบบหมายเลขชายธงตามแบบของกองทัพเรือสหราชอาณาจักร ซึ่งตัวระบบนี้สามารถรับประกันได้ว่าในบรรดากองทัพเรือที่กล่าวมาข้างต้นหรือกองทัพเรือชาติอื่น ๆ นอกเหนือจากนี้ที่จะมาเข้าร่วมในภายหลัง จะได้ใช้ระบบหมายเลขชายธงที่ระบุตัวตนเฉพาะไม่ซ้ำกันอย่างแน่นอน ในขณะที่สหรัฐไม่เข้าร่วมการใช้งานระบบนี้ เนื่องจากเรือของกองทัพเรือสหรัฐมีการจำแนกประเภทด้วยระบบสัญลักษณ์การจัดประเภทตัวเรือ (Hull classification symbol) อยู่แล้ว

รายชื่อประเทศที่เข้าร่วมใช้ระบบหมายเลขชายธง พร้อมทั้งช่วงหมายเลขที่ใช้งาน[3][4] ประกอบไปด้วย

• เรือฟริเกต FS Prairial มีหมายเลขชายธงคือ F731อาร์เจนตินา — (D: 1x, 2x; P: 3x, 4x; S: 2x, 3x; C: x; V: x)
• ออสเตรเลีย (เดิมเป็นส่วนหนึ่งของกองทัพเรือสหราชอาณาจักรจนถึงปี พ.ศ. 2512; ปัจจุบันใช้รูปแบบตามกองทัพเรือสหราชอาณาจักรและระบบสัญลักษณ์การจัดประเภทตัวเรือของสหรัฐ)[5]
• เบลเยี่ยม — (A:9xx; F: 9xx; M: 9xx; P:9xx)
• เดนมาร์ก — (N: 0xx; A/M/P: 5xx; F/S/Y: 3xx; L: 0xx)
• ฝรั่งเศส — (R: 9x; C/D/S: 6xx; F: 7xx; M/P/A: 6xx, 7xx; L: 9xxx)
• เยอรมนี — (A: 5x, 51x, 14xx; D: 1xx; F: 2xx; L: 76x; M: 10xx, 26xx; P: 61xx; S: 1xx)
• กรีซ — (D/P: 0x, 2xx; A/F: 4xx; L/S/M: 1xx)
• อิตาลี — (5xx; D 5xx; F 5xx; P 4xx; 5xxx; A 5xxx; L 9xxx; Y 5xx)
• เคนยา
• มาเลเซีย
• นิวซีแลนด์ (F111-HMNZS Te Mana)
• เนเธอร์แลนด์ (8xx; Y: 8xxx)
• นอร์เวย์ (F/S/M: 3xx; P: 9xx; L: 45xx)
• โปรตุเกส (F/M: 4xx; S: 1xx; P: 11xx0)
• สเปน (A: xx, F: 0x 1x 2x.., R: 01, 11, L: 0x, 1x.., P: 0x, 1x.., Y: xxx)
• ศรีลังกา
• แอฟริกาใต้
• ตุรกี (D/S: 3xx; F: 2xx; N: 1xx; A/M: 5xx; P: 1xx, 3xx, L: 4xx; Y: 1xxx)
• สหราชอาณาจักร (R: 0x; D: 0x & 1xx; F: 0x, 1xx, 2xx; S: 0x, 1xx; M: 0x, 1xx, 1xxx, 2xxx; P: 1xx, 2xx, 3xx; L: 0x, 1xx, 3xxx, 4xxx; A: ตามที่มีการกำหนดใช้)

ระบบหมายเลขชายธงขององค์การสนธิสัญญาแอตแลนติกเหนือ (NATO) ได้เพิ่มสัญลักษณ์ Y (จากคำว่า yard) เป็นสัญลักษณ์สำหรับ เรือลากจูง, ปั้นจั่นลอยน้ำ, ท่าเทียบเรือ และอื่น ๆ