หมู่เกาะเซาท์ออร์กนีย์ (อังกฤษ: South Orkney Islands) เป็นหมู่เกาะในมหาสมุทรใต้ ทางตอนใต้ของทะเลสโกเชีย ห่างจากปลายสุดของคาบสมุทรแอนตาร์กติกไปทางตะวันออกเฉียงเหนือ 604 กม. (375 ไมล์)[1] หมู่เกาะมีพื้นที่ 620 ตร.กม.[1] เกาะใหญ่สุดคือ เกาะคอโรเนชันเกาะนี้เคยเป็นส่วนหนึ่งของอาณานิคมหมู่เกาะฟอล์กแลนด์จนกระทั่ง ค.ศ. 1962 จึงโอนไปเป็นส่วนหนึ่งของบริติชแอนตาร์กติกเทร์ริทอรี