ผู้อยู่อาศัยบนหมู่เกาะนี้ยุคแรก ๆ คือชาวอเมริกันอินเดียน รวมไปถึงชาวอาราวัก แต่เมื่อเวลาผ่านไปหลายศตวรรษ ชาวแคริบเริ่มเข้ามาแทนที่จนในที่สุดมีพวกเขาเป็นประชากรส่วนใหญ่ ชาวยุโรปที่มาทำการสำรวจทวีปอเมริกาบันทึกเกี่ยวกับการพบเห็นเกาะนี้เป็นครั้งแรกใน ค.ศ. 1512 โดยผู้พิชิตดินแดนชาวสเปน ควน ปอนเซ เด เลออน ระหว่างศตวรรษที่ 16, 17 และ 18 หมู่เกาะนี้ผ่านการปกครองจากสเปน ฝรั่งเศส และอังกฤษมาแล้ว แต่ไม่มีชาติใดลงหลักปักฐานและสร้างนิคมบนหมู่เกาะสองแห่งนี้อย่างจริงจัง

หมู่เกาะเติกส์และเคคอสกลายเป็นแหล่งกบดานของโจรสลัดที่มีชื่อเสียงอยู่เป็นเวลาหลายทศวรรษในช่วงต้นศตวรรษที่ 18 ต่อมาบรรดาพ่อค้าเกลือชาวเบอร์มิวดาเข้ามาตั้งรกรากที่หมู่เกาะเติกส์เมื่อประมาณปี ค.ศ. 1680 จนกระทั่งระหว่าง ค.ศ. 1765-1783 ฝรั่งเศสได้เข้ามาปกครองเกาะนี้ และหลังจากเกิดการปฏิวัติอเมริกัน (ค.ศ. 1775-1783) ชาวอาณานิคมที่ยังภักดีต่อจักรวรรดิอังกฤษก็อพยพมายังอาณานิคมหมู่เกาะต่าง ๆ ทะเลแคริบเบียน และมีส่วนหนึ่งที่เข้ามาตั้งถิ่นฐานบนหมู่เกาะเคคอส ฝ้ายกลายเป็นพืชเศรษฐกิจในช่วงเวลาสั้น ๆ ต่อมาในปี ค.ศ. 1799 ทั้งหมู่เกาะเติกส์และเคคอสก็ถูกอังกฤษผนวกเข้าไปเป็นส่วนหนึ่งของหมู่เกาะบาฮามาส

ในปี ค.ศ. 1848 หมู่เกาะเติกส์และเคคอสถูกแบ่งออกเป็นสองอาณานิคมแยกจากกัน แต่อยู่ภายใต้การบริหารจากประธานสภาแห่งหมู่เกาะเติกส์และเคคอสคนเดียว ตำแหน่งนี้มีอยู่จนกระทั่ง ค.ศ. 1873 เมื่อหมู่เกาะทั้งสองถูกรวมเข้าไปเป็นส่วนหนึ่งของอาณานิคมจาเมกา และในปี ค.ศ. 1894 ตำแหน่งหัวหน้าเจ้าพนักงานอาณานิคมจึงถูกเปลี่ยนชื่อใหม่เป็นข้าหลวง ในปี ค.ศ. 1917 นายกรัฐมนตรีโรเบิร์ต บอร์เดนแห่งแคนาดา เสนอให้หมู่เกาะเติกส์และเคคอสรวมเข้าไปเป็นส่วนหนึ่งของแคนาดา แต่นายกรัฐมนตรีเดวิด ลอยด์ จอร์จแห่งอังกฤษปฏิเสธข้อเสนอดังกล่าว หมู่เกาะนี้จึงยังคงอยู่ในอาณัติของจาเมกา จนกระทั่งในวันที่ 4 กรกฎาคม ค.ศ. 1959 หมู่เกาะทั้งสองถูกแยกออกมาเป็นอาณานิคมเอกเทศอีกครั้ง โดยตำแหน่งข้าหลวงคนสุดท้ายถูกเปลี่ยนชื่อใหม่เป็นผู้บริหาร แต่ผู้ว่าราชการจาเมกายังคงเป็นผู้ว่าราชการของหมู่เกาะอยู่ และในวันที่ 31 พฤษภาคม ค.ศ. 1962 หมู่เกาะทั้งสองก็ถูกควบรวมเข้าไปเป็นส่วนหนึ่งของสหพันธรัฐเวสต์อินดีส

เมื่อจาเมกาได้รับเอกราชจากอังกฤษในเดือนสิงหาคม ค.ศ. 1962 หมู่เกาะเติกส์และเคคอสก็กลายเป็นอาณานิคมในเครือจักรภพ และตั้งแต่ ค.ศ. 1965 ผู้ว่าราชการบาฮามาสก็ทำหน้าที่ว่าราชการและดูแลกิจการต่าง ๆ ของหมู่เกาะเติกส์และเคคอสเช่นกัน จนกระทั่งบาฮามาสได้รับเอกราชในปี ค.ศ. 1973 หมู่เกาะทั้งสองจึงมีผู้ว่าราชการเป็นของตัวเองในที่สุด (โดยเปลี่ยนชื่อมาจากตำแหน่งผู้ปกครอง) ใน ค.ศ. 1974 สภาชิกสภาผู้แทนราษฎรแคนาดาแมกซ์ ซอลต์สแมนแห่งพรรคประชาธิปไตยใหม่ได้เสนอร่างกฎหมายเพื่อรวมหมู่เกาะนี้เข้ากับแคนาดา แต่ไม่ผ่านความเห็นชอบของสภาผู้แทนราษฎรแคนาดา

ตั้งแต่เดือนสิงหาคม ค.ศ. 1976 เป็นต้นมา หมู่เกาะนี้มีรัฐบาลเป็นของตัวเองโดยมีผู้นำเป็นหัวหน้ารัฐมนตรี ต่อมามีการตกลงกับทางอังกฤษในการร้องขอเอกราชในปี ค.ศ. 1979 โดยตั้งเป้าหมายว่าจะได้รับเอกราชภายใน ค.ศ. 1982 แต่การเปลี่ยนแปลงรัฐบาลใหม่ทำให้นโยบายนี้ถูกล้มเลิก และเปลี่ยนนโยบายไปเป็นการเจรจาเพื่อรวมประเทศกับแคนาดาแทน แต่ทางแคนาดาไม่ได้ให้ความสนใจกับเรื่องนี้ ปัญหาทางการเมืองในช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมานำไปสู่การประกาศใช้รัฐธรรมนูญที่ร่างขึ้นใหม่ในปี ค.ศ. 2006 และการกลับมาใช้อำนาจปกครองโดยตรงจากสหราชอาณาจักรในปี ค.ศ. 2009