หลวงพ่อคง ธมฺมโชโต ท่านได้อาพาธด้วยโรคชรา เนื่องจากว่า ท่านมีงานอยู่หลายอย่างต้องทำเพราะเป็นกิจของสงฆ์ ทั้งผลงานการสร้างพระพุทธรูป การสร้างวัตถุมงคล จึงทำให้ท่านไม่ได้มีเวลาพักผ่อนเลย จนภายหลังเป็นเจ้าอาวาสบริหารวัดรับภาระมากแล้ว ในเดือน 4 ของทุก ๆ ปี ท่านจะไปปักกลดในป่าช้าข้างวัดเป็นเวลาราว 1 เดือน เรียกกันว่า “รุกขมูลข้างวัด” โดยถือว่าเป็นการชำระจิตใจให้สะอาดหลังจากมายุ่งกับเรื่องทางโลกเกือบทั้งปี วันที่ 6 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2485 ขณะท่านนั่งร้านเพื่อตกแต่งพระขนงพระประธานองค์ใหม่ เมื่อท่านสวมพระเกตุพระประธานเสร็จ ท่านก็เกิดเป็นลม แต่ก็มีสติดี เอามือประสานในท่านั่งสมาธิจนหมดลมถึงแก่มรณภาพในอาการอันสงบสมกับเป็นผู้ฝึกจิตมาดีแล้ว ศิษย์เห็นท่านนั่งอยู่นานจึงประคองร่างลงมาจากร่างร้าน จึงรู้ว่าท่านมรณภาพแล้ว รวมอายุได้ 78 ปี 58 พรรษา [4]