หอดูดาวแห่งนี้ก่อตั้งขึ้นในปี 1991[1]

เนื่องจากการรวมเทศบาลในเดือนสิงหาคม 2004 ทำให้พื้นที่ตั้งของหอดูดาวนี้อยู่ในพื้นที่เมืองโกโต ชื่อเดิมของหอดูดาวจึงเปลี่ยนเป็นชื่อปัจจุบัน โดยมีคำว่า "เมืองโกโต" (五島市) อยู่

เมื่อวันที่ 2 กันยายน 2007 ได้เข้าร่วมการสังเกตการณ์ภาคพื้นดินในการวัดลมเทอร์โมสเฟียร์ ซึ่งดำเนินการร่วมกันโดย มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีโคจิ, JAXA และอื่น ๆ [2]

ในปี 2009 เข้าร่วมในปีดาราศาสตร์สากล 2009[3]