ห้องปฏิบัติการทางการแพทย์ สามารถแบ่งออกได้ 2 ประเภท ได้แก่ ห้องปฏิบัติการทางการแพทย์ที่อยู่ในโรงพยาบาล ซึ่งมีหน้าที่หลักในการตรวจสิ่งตรวจของผู้ป่วยที่เข้ามารับบริการในโรงพยาบาลนั้น ๆ และห้องปฏิบัติการทางการแพทย์เอกชน เป็นห้องปฏิบัติการทางการแพทย์ที่ไม่ได้ตั้งอยู่ในโรงพยาบาล แต่เปิดให้บริการโดยเอกชน เช่น ห้องปฏิบัติการทางการแพทย์ของบริษัทประกันชีวิต