ห้องปฏิบัติการทางการแพทย์ส่วนใหญ่จะแบ่งออกเป็นหลายแผนก เนื่องจากการตรวจสิ่งส่งตรวจแต่ละแผนกนั้น มีขั้นตอนที่แตกต่างกัน โดยทั่วไปแล้ว เราสามารถแบ่งเป็นแผนกได้ ดังนี้

• แผนกจุลชีววิทยา เป็นแผนกที่รับสิ่งส่งตรวจ เช่น อุจจาระ ปัสสาวะ เลือด เพื่อตรวจหาจุลชีพที่ก่อให้เกิดโรค
• แผนกโลหิตวิทยา เป็นแผนกที่ทดสอบสิ่งต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับเลือด เช่น การตรวจเลือดแบบสมบูรณ์ (Complete blood count, CBC) การตรวจการแข็งตัวของเลือด เป็นต้น
• แผนกเคมีคลินิค เป็นแผนกที่ตรวจถึงส่วนประกอบต่าง ๆ ในน้ำเหลือง เช่น ระดับเกลือแร่ต่าง ๆ
• แผนกภูมิคุ้มกันวิทยา เป็นแผนกที่ตรวจถึงระดับภูมิคุ้มกันของร่างกาย
• แผนกธนาคารเลือด เป็นแผนกที่ตรวจเกี่ยวกับการเข้ากันได้ของผู้บริจาคเลือด และผู้รับบริจาคเลือด รวมถึงกรุ๊ปเลือด
• แผนกปรสิตวิทยา เป็นแผนกที่ตรวจหาพยาธิ