องค์การจัดการน้ำเสีย มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการจัดระบบบำบัดน้ำเสียรวม ในเขตพื้นที่จัดการน้ำเสียตามพระราชกฤษฎีกา และที่ประกาศเพิ่มเติม ต่อมาในปี พ.ศ. 2554 องค์การจัดการน้ำเสีย ได้เริ่มต้นการให้บริการเชิงพาณิชย์เพื่อหารายได้เข้าสู่องค์กร ควบคู่กับการให้บริการเชิงสังคม เพื่อลดภาระด้านงบประมาณสนับสนุนจากภาครัฐ โดยมีการให้บริการเชิงพาณิชย์ 4 กิจการ คือ

1. รับจ้างบริหารจัดการและบำรุงรักษาระบบบำบัดน้ำเสีย
2. รับจ้างบริหารจัดการวิเคราะห์คุณภาพน้ำ
3. รับจ้าง ศึกษา ออกแบบ สำรวจ ปรับปรุง และก่อสร้างระบบบำบัดน้ำเสีย
4. รับจ้างฝึกอบรมการตรวจวิเคราะห์คุณภาพน้ำและควบคุมการเดินระบบบำบัดน้ำเสีย