องค์การจัดการน้ำเสีย ก่อตั้งขึ้นเพื่อจัดระบบบำบัดน้ำเสียรวม สำหรับการบำบัดน้ำเสียในพื้นที่ที่กำหนดไว้ในพระราชกฤษฎีกา ได้แก่ กรุงเทพมหานคร จังหวัดนครปฐม จังหวัดนนทบุรี จังหวัดปทุมธานี จังหวัดสมุทรปราการ และจังหวัดสมุทรสาคร ต่อมาคณะรัฐมนตรีได้มีมติเห็นชอบ เมื่อวันที่ 5 เมษายน พ.ศ. 2542 ให้เพิ่มเติมพื้นที่เทศบาลตำบลแสนสุข จังหวัดชลบุรี พื้นที่จังหวัดฉะเชิงเทรา และพื้นที่จังหวัดอ่างทอง เป็นพื้นที่ในเขตจัดการน้ำเสีย[4]

ในปี พ.ศ. 2545 ได้มีการกำหนดพื้นที่จัดการน้ำเสียเพิ่มเติมอีก 9 แห่ง ได้แก่ เทศบาลเมืองศรีราชา เทศบาลเมืองสกลนคร เทศบาลเมืองเพชรบุรี เทศบาลเมืองชุมแสง เทศบาลตำบลหัวหิน เทศบาลตำบลบ้านเพ เทศบาลตำบลป่าตอง เทศบาลเมืองประจวบคีรีขันธ์ และเมืองพัทยา เป็นเขตจัดการน้ำเสีย[5]