ตำบลนาเคียน เป็นตำบลที่ถูกก่อตั้งขึ้นในสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 3 แห่งราชวงศ์จักรี โดยออรังมาลายู (ชาวมลายู) ปาตานี สายบุรี ลังกาวี ซึ่งถูกกวาดต้อนมาหลังเสร็จสงคราม เดิมทีประชาชนของตำบลนาเคียนเป็นเชลยศึกที่มาจากเมืองปัตตานี สายบุรี ลังกาวี โดยเชลยศึกเหล่านี้จะถูกกวาดต้อนจากปัตตานีไปยังกองทัพของกรุงสยาม โดยจะถูกกวาดต้อนไปยังกองทัพสยามที่เมืองนครศรีธรรมราช สงขลา และพัทลุง ซึ่งเชลยศึกเหล่านี้ได้เข้ามาตั้งถิ่นฐานอยู่ตามเขตชายฝั่งทะเล นอกเขตเมืองและบางส่วนอยู่ในกรุงสยาม เชลยศึกที่อยู่ในจังหวัดนครศรีธรรมราชส่วนหนึ่ง ได้ทำการบุกเบิกป่านาเคียน ซึ่งเป็นป่ารกร้างที่ปกคลุมด้วยต้นตะเคียน เพื่อทำแปลงนาปลูกข้าวส่งให้กับกองทัพนครศรีธรรมราช ต่อมาในสมัยรัชกาลที่ 5 ได้มีการประกาศเลิกทาส และให้ที่ดินที่นาแก่ประชาชนเพื่อประกอบอาชีพทางการเกษตร โดยคนในสมัยนั้นได้ทำการปลูกข้าวครั้งแรกเรียกว่า “นาหยาม” ซึ่งทำได้ไม่กี่ปี สภาพพื้นที่ก็ไม่เอื้ออำนวยทำให้ขาดทุน และต่อมาก็ได้ทำเป็น “นาปี” ด้วยความที่ชาวบ้านให้ความสำคัญกับธรรมชาติ จึงตั้งชื่อหมู่บ้านตามภูมิศาสตร์และลักษณะของพื้นที่หมู่บ้านว่า “บ้านนาตะเคียน” หลายปีผ่านมาชาวบ้านจึงเรียกว่า “บ้านนาเคียน” และได้เรียกติดปากกันมาจนถึงปัจจุบันนี้

ตำบลนาเคียนสภาพพื้นที่เดิมเป็นป่ามีทุ่งนาบางส่วน ราษฎรมีอาชีพขายน้ำมันยางและยางตะเคียน พื้นที่มีต้นตะเคียนทองมาก และที่สำคัญคือมีต้นตะเคียนขนาดใหญ่อยู่บริเวณทางผ่านของผู้คนอำเภอลานสกาและพรหมคีรี ราษฎรผ่านไปมาใช้ต้นตะเคียนเป็นที่พักร้อน และเรียกชื่อที่พักนี้ว่า "ศาลานาเคียน" เมื่อมีการเปลี่ยนแปลงการปกครอง จึงให้ชื่อว่า "ตำบลนาเคียน"