จำนวนหมู่บ้านในเขตองค์การบริหารส่วนตำบลนาเคียนมีทั้งหมด 9 หมู่บ้าน คือ

• หมู่ที่ 1 บ้านปากสระ
• หมู่ที่ 2 บ้านหัวทะเล
• หมู่ที่ 3 บ้านทุ่งโหนด
• หมู่ที่ 4 บ้านคลองดิน
• หมู่ที่ 5 บ้านนาเคียนเหนือ
• หมู่ที่ 6 บ้านนาเคียนใต้
• หมู่ที่ 7 บ้านใหม่
• หมู่ที่ 8 บ้านโคกม่วง
• หมู่ 9 บ้านทวดเหนือ

หมายเหตุ : ตำบลนาเคียนมีหน่วยราชการท้องถิ่นอื่นในตำบล 1 แห่ง คือ เทศบาลนครนครศรีธรรมราช ซึ่งปกครอง หมู่ 3 และ 4 ตำบลนาเคียน บางส่วน