ในประเทศไทย อธิการบดีมาจากการแต่งตั้งของพระมหากษัตริย์ตามคำแนะนำของสภามหาวิทยาลัยนั้น ๆ มีวาระการดำรงตำแหน่งคราละสี่ปี และอาจได้รับแต่งตั้งอีกครั้งได้ แต่จะดำรงตำแหน่งเกินสองวาระติดต่อกันมิได้ ส่วนอำนาจหน้าที่ของอธิการบดีย่อมแตกต่างกันไปตามแต่ที่กฎหมายหรือตราสารจัดตั้งมหาวิทยาลัยบัญญัติหรือกำหนดไว้

อนึ่ง ในสมัยก่อน มหาวิทยาลัยบางแห่งเรียกอธิการบดีว่า "ผู้บัญชาการ" เช่น จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย[1] และมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ (มหาวิทยาลัยมหิดล ในปัจจุบัน)[2] นอกจากนี้ ยังมีตำแหน่ง "ผู้ประศาสน์การ" ซึ่งเป็นชื่อสำหรับตำแหน่งผู้บริหารสูงสุดของมหาวิทยาลัยวิชาธรรมศาสตร์และการเมือง (มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ในปัจจุบัน) มีความหมายเทียบเท่าตำแหน่งอธิการบดี โดยบุคคลที่ดำรงตำแหน่งผู้ประศาสน์การมีเพียงท่านเดียว คือ ศาสตราจารย์ ดร.ปรีดี พนมยงค์ และก่อนหน้านั้น มหาวิทยาลัยศิลปากร ใช้ตำแหน่ง "ผู้อำนวยการ" โดยตำแหน่งอธิบดีกรมศิลปากร จะดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการมหาวิทยาลัยศิลปากรโดยตำแหน่ง ต่อมาจึงแยกหน่วยงานออกจากกันระหว่างกรมศิลปากรและมหาวิทยาลัยศิลปากร จึงเปลี่ยนชื่อตำแหน่งจาก "ผู้อำนวยการมหาวิทยาลัยศิลปากร" เป็น "อธิการบดีมหาวิทยาลัยศิลปากร"