"อนิเมะ" (アニメ) เป็นคำย่อของ アニメーション ซึ่งเป็นคำที่ยืมมาจากภาษาอังกฤษ (สังเกตได้ว่าเขียนเป็นคะตะคะนะ) "แอนิเมชัน" (animation) ซึ่งหมายความถึงภาพยนตร์การ์ตูน คำทั้งสองคำนี้สามารถใช้แทนกันได้ในภาษาญี่ปุ่น อย่างไรก็ดีรูปย่อเป็นที่นิยมใช้มากกว่า คำว่า "อนิเมะ" มีขอบเขตกว้างครอบคลุมภาพยนตร์การ์ตูนทั้งหมด ไม่จำกัดอยู่ที่แนวหรือรูปแบบของภาพยนตร์การ์ตูนใด ๆ

"เจแปนิเมชัน" (Japanimation) ซึ่งเกิดจากการผสมคำว่า "เจแปน" (Japan) กับ "แอนิเมชัน" เป็นคำอีกคำที่มีความหมายเหมือน "อนิเมะ" คำนี้นิยมใช้กันมากในทศวรรษที่ 1970 และ 1980 แต่มีคนใช้น้อยลงตั้งแต่ปี 1990 และหมดความนิยมลงก่อนกลางทศวรรษที่ 1990 ในปัจจุบันคำนี้ถูกใช้อยู่แค่ในประเทศญี่ปุ่นเพื่อแบ่งแยกระหว่างภาพยนตร์การ์ตูนทั่ว ๆ ไป (ซึ่งคนญี่ปุ่นเรียกรวม ๆ ว่า "อนิเมะ") และภาพยนตร์การ์ตูนที่ผลิตภายในประเทศ

แนว

อนิเมะมีอยู่หลายแนวเช่นเดียวกับภาพยนตร์ ยกตัวอย่างเช่น แอคชัน, ผจญภัย, ตลก, โศกนาฏกรรม, แฟนตาซี, สยองขวัญ, ฮาเร็ม, โรแมนติก,ทำอาหาร, นิยายวิทยาศาสตร์ เป็นต้น

อนิเมะส่วนใหญ่จะมีเนื้อหาจากแนวอนิเมะมากกว่าหนึ่งแนว และอาจมีสารัตถะมากกว่าหนึ่งสารัตถะ ทำให้การจัดแบ่งอนิเมะเป็นไปได้ยาก เป็นเรื่องปกติที่อนิเมะแนวแอคชันส่วนใหญ่จะสอดแทรกด้วยเนื้อหาแนวตลก และอาจมีการวิพากษ์วิจารณ์สังคมปนอยู่ด้วย ในทำนองเดียวกันอนิเมะแนวรักโรแมนติกหลายเรื่องก็มีฉากต่อสู้ที่ดุเดือดไม่แพ้อนิเมะแนวแอคชันเลย

แนวที่สามารถพบได้แค่ในอนิเมะและมังงะได้แก่ (สำหรับแนวอื่น ๆ ดูรายชื่อแนวภาพยนตร์)

• บิโชโจะ: (ภาษาญี่ปุ่นหมายความว่า "เด็กสาวหน้าตาดี") อนิเมะที่มีตัวละครหลักเป็นเด็กสาวหน้าตาสวยงาม เช่น เมจิกไนท์เรย์เอิร์ท
• บิโชเน็น: (ภาษาญี่ปุ่นหมายความว่า "เด็กหนุ่มหน้าตาดี") อนิเมะที่มีตัวละครหลักเป็นเด็กหนุ่มหน้าตาหล่อเหลาและท่าทางสง่างาม เช่น ฟูชิกิยูกิ
• เอดชิ: มีรากมาจากตัวอักษร "H" ในภาษาญี่ปุ่นหมายว่า "ทะลึ่ง" อนิเมะในแนวนี้จะมีมุขตลกทะลึ่งแบบผู้ใหญ่ และมีภาพวาบหวามแต่ไม่เข้าข่ายอนาจารเป็นจุดขาย ตัวอย่างเช่น คาโนค่อน จิ้งจอกสาวสุดจี๊ด
• เฮ็นไต: (ภาษาญี่ปุ่นหมายความว่า "ไม่ปกติ ในแง่จิตใจ" หรือ "วิตถาร") เป็นคำที่ใช้นอกประเทศญี่ปุ่นสำหรับเรียกอนิเมะที่จัดได้ว่าเป็นสื่อลามกอนาจาร ในประเทศญี่ปุ่นเรียกอนิเมะประเภทนี้ว่า 18禁アニメ　 (อ่านว่า "จูฮาจิคินอนิเมะ"; อนิเมะสำหรับผู้ใหญ่อายุมากกว่า 18 ปี) หรือ エロアニメ　 (อ่านว่า "เอะโระอนิเมะ"; มาจาก "erotic anime" แปลว่า "อนิเมะที่กระตุ้นความรู้สึกทางเพศ) ตัวอย่างเช่น ลาบลูเกิร์ล)
• อนิเมะสำหรับเด็ก: มีกลุ่มเป้าหมายเป็นเด็กปฐมวัย ตัวอย่างเช่น โดราเอมอน
• โชเน็น: อนิเมะที่มีกลุ้มเป้าหมายเป็นเด็กผู้ชาย เช่น ดราก้อนบอล, นารูโตะนินจาจอมคาถา
• โชโจะ: อนิเมะที่มีกลุ่มเป้าหมายเป็นเด็กผู้หญิง เช่น เซเลอร์มูน
• เซเน็น: อนิเมะที่มีกลุ่มเป้าหมายเป็นวัยรุ่นชายตอนปลายถึงผู้ชายอายุประมาณ 20 ปี เช่น โอ้! มายก็อดเดส
• โจะเซ: (ภาษาญี่ปุ่นหมายถึง "ผู้หญิงอายุน้อย") อนิเมะที่มีกลุ่มเป้าหมายเป็นผู้หญิงอายุประมาณ 20 ปี ตัวอย่างเช่น นานะ
• มาโฮะโชโจ: แนวย่อยหนึ่งของอนิเมะแนวโชโจะ มีตัวละครหลักเป็นเด็กผู้หญิงที่มีพลังวิเศษอย่างไดอย่างหนึ่ง เช่น การ์ดแคปเตอร์ซากุระ
• มาโฮะโชเน็น: เหมือนแนวสาวน้อยเวทมนตร์ แต่ตัวเอกเป็นผู้ชาย เช่น ดี.เอ็น.แองเจิล
• โชโจะไอ/ยุริ: อนิเมะเน้นความรักร่วมเพศระหว่างผู้หญิง เช่น สตรอเบอรีพานิก
• โชเน็นไอ/ยะโอะอิ: อนิเมะเน้นความรักร่วมเพศระหว่างผู้ชาย เช่น เลิฟเลส