ประเทศญี่ปุ่นเริ่มผลิตภาพยนตร์แอนิเมชั่นในเชิงพาณิชย์ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1917 แต่ภาพลักษณ์ในฐานะสื่อสำหรับเด็กของภาพยนตร์การ์ตูนทำให้การเผยแพร่ยังมีอยู่อย่างจำกัด และแผ่นดินไหวใหญ่ในที่ราบคันโตเมื่อ ปี 1923 ทำให้สตูดิโอและงานในยุคแรกเริ่มถูกทำลายไปเป็นจำนวนมาก. การ์ตูนอนิเมะเรื่องยาวเรื่องแรก คือ โมโมทาโร่ อุมิโนะชินเปอิ (桃太郎 海の神兵) หรือ โมโมทาโร่ ทหารเทพแห่งท้องทะเล ซึ่งถูกสร้างขึ้นโดยราชนาวีของจักรวรรดิ์ญี่ปุ่น ในปี ค.ศ. 1944 เพื่อใช้ในการโฆษณาชวนเชื่อในระหว่างสงคราม. พอถึงยุคหลังสงครามความนิยมในภาพยนตร์แอนิเมชั่นก็ได้รับการฟื้นฟูเป็นลำดับ. จนกระทั่งในทศวรรศที่ 1960 นักสร้างแอนิเมชั่นอย่าง เทะซิกะ โอซามุ ได้บุกเบิกเทคนิคในการสร้างภาพยนตร์การ์ตูนในญี่ปุ่น โดยการศึกษาเลียนแบบเทคนิคของนักทำแอนิเมชั่นของดิสนีย์และคิดหาทางลดความยุ่งยากและค่าใช้จ่ายลง. ผลงานของโอซามุได้รับความนิยมแพร่หลายไปนอกประเทศญี่ปุ่น และได้รับฉายทั้งในอเมริกาและประเทศในยุโรปหลายเรื่อง. พอถึงปลายปี 1970 ภาพยนตร์การ์ตูนญี่ปุ่นได้พัฒนาลักษณะเฉพาะตัวขึ้นจนสามารถแบ่งแยกออกจากภาพยนตร์การ์ตูนของสหรัฐอเมริกาได้อย่างชัดเจน. ในทศวรรษที่ 1980 อนิเมะได้รับความนิยมกว้างขวางในญี่ปุ่น ทำให้ธุรกิจการสร้างอนิเมะเจริญเติบโตอย่างรวดเร็ว และในทศวรรษที่ 1990 และ 2000 ชื่อเสียงของอนิเมะได้แพร่ขยายไปยังนอกประเทศญี่ปุ่น พร้อม ๆ กับการขยายตัวของตลาดอนิเมะนอกประเทศสำหรับคนที่ชื่นชอบ.