หลังเหตุการณ์ยึดอำนาจ 19 กันยายน ได้แสดงจุดยืนประชาธิปไตยจนกระทั่งมีผลกระทบต่อหน้าที่การงานในภาคการเงิน จึงได้หันมาทำงานทางด้านวงการศึกษาและสื่อสารมวลชนเต็มตัว ในฐานะคณบดีคณะเศรษฐศาสตร์ มหาวิทยาลัยรังสิต และได้จัดตั้ง ศูนย์วิจัยเศรษฐกิจและธุรกิจเพื่อการปฏิรูป โดยได้ดำรงตำแหน่งเป็น คณบดีคณะเศรษฐศาสตร์ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2550 จนถึงปัจจุบันพร้อมกับทำหน้าที่ในฐานะผู้อำนวยการศูนย์วิจัยเศรษฐกิจและธุรกิจเพื่อการปฏิรูป ต่อมาได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งเป็นรองอธิการบดีฝ่ายวิจัยและบริการวิชาการ สำหรับหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานสาธารณประโยชน์นั้น ดร. อนุสรณ์ ธรรมใจ ได้ทำหน้าที่ในฐานะกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิของ คณะกรรมการกำกับการบริหารนโยบายหนี้สาธารณะ กระทรวงการคลัง กรรมการผู้ทรงคุณวุฒิ สภาวิจัยแห่งชาติสาขาเศรษฐศาสตร์ กรรมการในอนุกรรมการจัดทำบันทึกข้อตกลงและประเมินผลการดำเนินงานรัฐวิสาหกิจ กระทรวงการคลัง ล่าสุดได้รับการแต่งตั้งให้เข้าไปพัฒนากิจการประปาให้ดียิ่งขึ้น ในฐานะประธานกรรมการตรวจสอบและกรรมการ การประปาส่วนภูมิภาค ท่ามกลางความขัดแย้งทางการเมืองอย่างรุนแรงหลังการรัฐประหาร 19 กันยายน พ.ศ. 2549 “อนุสรณ์ ธรรมใจ” ได้เคลื่อนไหวและแสดงบทบาทอย่างต่อเนื่องเพื่อให้ประเทศไทยมีระบอบประชาธิปไตยที่มั่นคงและมีคุณภาพพร้อมทั้งเกิดความสมานฉันท์ปรองดองในประเทศ บทบาทเหล่านี้ได้แสดงออกผ่านทางงานวิชาการ งานสื่อมวลชนที่ “อนุสรณ์ ธรรมใจ” ทำอยู่ รวมทั้งในฐานะคณะกรรมการสมานฉันท์เพื่อการปฏิรูปการเมือง ในฐานะคณะกรรมการเสวนาเพื่อแสวงหาทางออกประเทศไทย นอกจากนี้ยังเป็นและเคยเป็นที่ปรึกษาและกรรมการให้องค์กรต่างๆ เช่น กรรมการและประธานกรรมการตรวจสอบ บริษัทบางจากปิโตรเลียม จำกัด (มหาชน), กรรมการ บมจ อสมท, กรรมการบริหารกองทุนกิจการโทรคมนาคมเพื่อประโยชน์สาธารณะ กทช กรรมการมูลนิธิและสถาบันปรีดี พนมยงค์ อนุกรรมการประเมินผลรัฐวิสาหกิจ กรรมการกำกับนโยบายบริหารหนี้สาธารณะ กระทรวงการคลัง เป็นต้น รวมทั้งเป็นคอลัมนิสต์หนังสือพิมพ์กรุงเทพธุรกิจ และ Commentator FM 96.5 รายการ ECON BIZZ รายการย้อนอดีตสู่อนาคต ช่วงมองเศรษฐกิจ ข่าวภาคค่ำ ช่อง 9 อสมท และ รายการ Tax Talk Biz Focus ทาง TNN2 TrueVision8 รายการถกอดีต ส่องอนาคต ทางช่อง 11 สถานีวิทยุโทรทัศน์แห่งประเทศไทย กรมประชาสัมพันธ์ เป็นต้น ในฐานะกรรมการบริษัทมหาชน เขาได้รับรางวัลคณะกรรมการดีเลิศแห่งปี 3 ปีซ้อนและคณะกรรมการตรวจสอบดีเด่น ในฐานะ กรรมการ บมจ บางจากปิโตรเลียม

ทั้งนี้นายอนุสรณ์ ธรรมใจเป็นนักวิชาการและนักบริหารที่มีความใฝ่โลกทุนนิยมตะวันตกและรับใช้ระบอบทุนนิยมอย่างสมบูรณ์แบบตามการศึกษาที่ได้เล่าเรียนมา มีการอ้างจุดยืนเพื่อหลักการประชาธิปไตยและมุ่งมั่นในการเข้าไปมีบทบาทในการเปลี่ยนแปลงระบบเศรษฐกิจและสังคมให้เกิดความเป็นธรรมตามแบบโลกตะวันตก โดยต่อต้านระบบทุนนิยมแบบผสมของจีนอย่างสิ้นเชิง