ความเป็นมาของคัมภีร์อรรถกถาในเชิงประวัติศาสตร์ แบ่งได้เป็น 2 อย่าง คือ

1. อรรถกถามีมาตั้งแต่สมัยพุทธกาล
2. อรรถกถาเริ่มมีในสมัยสังคายนาครั้งที่ 3 ในรัชสมัยพระเจ้าอโศกมหาราช พ.ศ. 236

แต่อย่างไรก็ตามในช่วงหลัง คัมภีร์อรรถกถาภาษาบาลีดั้งเดิมได้สูญหายจากประเทศอินเดียไป เหลือเพียงคัมภีร์อรรถกถาภาษาสิงหล ซึ่งพระมหินทเถระได้นำอรรถกถาในภาษาบาลีมาเผยแพร่ในเกาะลังกาตั้งแต่สมัยพระเจ้าอโศกมหาราช (พ.ศ. 236)"

ดังนั้นในปี พ.ศ. 945 พระพุทธโฆสะ พระภิกษุชาวอินเดีย จึงได้รับอาราธนามาที่เกาะลังกาเพื่อแปลคัมภีร์อรรถกถากลับคืนสู่ภาษาบาลี ซึ่งคัมภีร์อรรถกถาที่มีอยู่ในปัจจุบันจึงเป็นผลงานการแปลของท่านพระพุทธโฆสะ[2]

ทั้งนี้ อรรถกถาภาษาสิงหลโบราณที่พระอรรถกถาจารย์รุ่นต่อมา เช่น พระพุทธโฆสะและพระธัมมปาละ ได้ทำการเรียบเรียงขึ้นเป็นภาษามคธนั้น ต้นฉบับได้สูญหายไปหมดแล้ว แต่จากข้อมูลที่หลงเหลืออยู่ สามารถจำแนกแยกอรรถกถาโบราณเหล่านี้ออกเป็น 3 หมวด คือ

อรรถกถาวินัยปิฎก

1. มหาอรรถกถา หรือมูลอรรถกถา เป็นผลงานของพระสงฆ์คณะมหาวิหารเมืองอนุราธปุระ ประเทศศรีลังกา แก้ครบทั้ง 3 ปิฎก ซึ่งมหาอรรถกถานี้ นำมาจากชมพูทวีปสู่เกาะสิงหล โดยพระมหามหินทเถระ แล้วแปลเรียบเรียงเป็นภาษาสิงหลไว้โดยพระเถระผู้แตกฉานในพระไตรปิฎกชาวสิงหล เพื่อหลีกเลี่ยงความเลอะเลือนแห่งคำวินิจฉัยที่มาจากต่างลัทธิต่างนิกาย และที่มาจากศาสนาอื่นๆ รวมถึงเพื่อความสะดวกแก่การศึกษาของพระสงฆ์ชาวสิงหล อรรถกถานี้เป็นความเป็นมาแต่เริ่มที่พระพุทธโฆสาจารย์ยึดถือเป็นต้นแบบในการแต่งอภินวอรรถกถา ซึ่งปรากฏเป็นผลงานของพระโปราณาจารย์ เรียกชื่อ ว่า สมันตปาสาทิกา และมหาปัจจรี เป็นต้น[3]
3. มหาปัจจรีอรรถกถา คือ อรรถกถาแพใหญ่ แต่งขณะที่นั่งบนแพ ณ ที่ใดที่หนึ่ง ไม่ปรากฏชื่อผู้แต่ง
5. กุรุนทีอรรถกถา แต่งที่กุรุนทีมหาวิหารในศรีลังกา ไม่ปรากฏชื่อผู้แต่ง
7. อันธกัฏฐกถา แต่งเป็นภาษาอันธกะ แล้วสืบต่อกันมาขยายไปยังเมืองกัฏฐิปุระ หรือเมืองคอนเจวารามในอินเดียภาคใต้ ไม่ปรากฏชื่อผู้แต่ง
9. สังเขปัฏฐกถา คือ อรรถกถาย่อ สันนิษฐานว่าน่าจะแต่งในอินเดียภาคใต้ ไม่ปรากฏชื่อผู้แต่ง
11. วินัยอัฏฐกถา ไม่ปรากฏสถานที่แต่งและชื่อผู้แต่ง [4]

อรรถกถาสุตตันตปิฎก

1. มหาอรรถกถา หรือ มูลอรรถกถา
3. สุตตันตอรรถกถา หรือ อรรถกถาพระสูตร
5. อาคมัฏฐกกถา อรรถกถานิกาย 4
7. ทีมัฏฐกถา อรรถกถาทีฆนิกาย
9. มัชฌิมัฏฐกถา คืออรรถกถามัชฌิมนิกาย
11. สังยุตตัฏฐกถา คืออรรถกถาสังยุตตนิกาย
13. อังคุตตรัฏฐกถา คืออรรถกถาอังคุตตรนิกาย [4]

อรรถกถาอภิธรรมปิฎก

1. มหาอรรถกถา หรือมูลอรรถกถา
3. อภิธัมมัฏฐกถา คืออรรถกถาอภิธรรม [4]

นอกจากนี้ ยังมีอรรถกถาอื่นๆ อีก คือ

1. จูฬปัจจรีย์อรรถกถา คือ สังเขปอรรถกถานั่นเอง
3. อริยอรรถกถา คือ อรรถกถาภาษาอริยะ ไม่ปรากฏชื่อผู้แต่ง
5. ปันนวาร (อรรถกถา) คือ อรรกถาที่ประมวลข้อวินิจฉัยจากมูลอรรถกถาหรือมหาอรรถกถา

อรรถกถาเหล่านี้เรียกว่า โปราณอรรถกถา หรือ อรรถกถาเก่า ซึ่งพระสังคีติกาจารย์ได้ยกขึ้นสู่สังคายนาถึง 3 ครั้งและนำเผยแพร่ยังเกาะสิงหลโดยพระมหามหินทเถระชาวชมพูทวีปภายหลังสังคายนาครั้งที่ 3 แล้วได้รับการแปลเรียบเรียงเป็นภาษาสิงหลเพื่อหลีกเลี่ยงความเลอะเลือนแห่งคำวินิจฉัยที่มาจากต่างลัทธิต่างนิกาย และที่มาจากศาสนาอื่นๆ [3]