อะกาโรสเป็นพอลิเมอร์เส้นตรง มีมวลโมเลกุลประมาณ 120,000 ประกอบด้วย ดี-กาแล็กโทส และ 3,6-แอนไฮโดร-แอล-กาแล็กโทไพราโนส เชื่อมต่อโดยพันธะไกลโคซิดิก อัลฟา-(1→3) และเบตา-(1→4) 3,6-แอนไฮโดร-แอล-กาแล็กโทไพราโนส เป็น แอล-กาแล็กโทสประเภทหนึ่ง ที่มีการเชื่อมกันของแอนไฮโดรในตำแหน่งที่ 3 และ 6 แม้ว่าบางหน่วยของ แอล-กาแล็กโทสในพอลิเมอร์ จะไม่มีช่วงที่เชื่อมต่อกันก็ตาม ดี-กาแล็กโทส และ แอล-กาแล็กโทส บางหน่วย อาจถูกทำให้เป็นเมทิล ไพรูเวตและซัลเฟตก็พบได้ในปริมาณน้อย[4]

แต่ละโซ่ของอะกาโรสมีกาแล็กโทสประมาณ 800 โมเลกุล โซ่พอลิเมอร์สานเส้นใยเกลียวที่รวมกับเป็นโครงสร้างขั้นบันได มีรัศมีประมาณ 20-30 นาโนเมตร[5] เส้นใยมีคุณสมบัติคล้ายของแข็ง และมีความยาวที่แตกต่างกันขึ้นกับความเข้มข้นของอะกาโรส[6] เมื่อมันถูกทำให้แข็ง เส้นใยจะสร้างร่างแหสามมิติ มีช่องเส้นผ่านศูนย์กลางประมาณ 50 นาโนเมตร ถึงมากกว่า 200 นาโนเมตร ขึ้นกับความเข้มข้นอะกาโรสที่ใช้ โดยเมื่อความเข้มข้นยิ่งสูง เส้นผ่านศูนย์กลางของรูก็จะยิ่งเล็กลง โครงสร้างสามมิติประกอบเข้ากันได้ด้วยพันธะไฮโดรเจน และถูกทำให้แยกออกได้ด้วยความร้อน