จุดเริ่มต้นของอะบูซัยยาฟอยู่ที่เมืองอีซาเบลา ทางเหนือของเกาะบาซีลัน ซึ่งเป็นเมืองหลวงของจังหวัดบาซีลัน อะบูซัยยาฟเป็นกลุ่มเล็ก ๆ แต่แข็งแกร่งกลุ่มหนึ่งในบรรดาขบวนการแบ่งแยกดินแดนในมินดาเนา สมาชิกอะบูซัยยาฟบางส่วนเคยเรียนหรือทำงานในซาอุดีอาระเบีย และเคยเข้าร่วมกับมูจาฮิดีนในการต่อต้านการรุกรานอัฟกานิสถานของโซเวียต อะบูซัยยาฟมีความร่วมมือกลับกลุ่มญะมาอะห์ อิสลามียะห์ในอินโดนีเซีย และได้รับการสนับสนุนจากกลุ่มอัลกออิดะฮ์