ในช่วง พ.ศ. 2513 แนวร่วมปลดปล่อยแห่งชาติโมโรเป็นกลุ่มกบฏมุสลิมกลุ่มหลักในบาซีลันและมินดาเนา ในช่วง พ.ศ. 2520 – 2523 อับดูรอจิก อาบูบาการ์ จันจาลอนี พี่ชายของ คาดาฟฟี จันจาลอนี ผู้ไปศึกษาภาษาอาหรับในลิเบีย ซีเรีย และซาอุดีอาระเบียได้เข้าร่วมการต่อต้านโซเวียตในอัฟกานิสถาน และได้พบกับบิน ลาดิน บิน ลาดินได้ให้เงินสนับสนุน 6 ล้านเหรียญสหรัฐเพื่อสนับสนุนแนวร่วมปลดปล่อยแห่งชาติโมโร และมีการจัดตั้งเขตปกครองตนเองของมุสลิมมินดาเนาเพื่อแก้ปัญหาใน พ.ศ. 2532

อะบูซัยยาฟภายใต้การนำของ อับดูรอจิก จันจาลอนี

อับดูรอจิกกลับสู่บาซีลันเมื่อ พ.ศ. 2533 และแบ่งแยกตัวออกจากแนวร่วมปลดปล่อยแห่งชาติโมโรมาจัดตั้งกลุ่มอะบูซัยยาฟ กลุ่มนี้เริ่มปฏิบัติการใน พ.ศ. 2534 และเริ่มดำเนินการด้วยการก่อการร้ายครั้งแรกด้วยการโจมตีเมืองไอปีบนเกาะมินดาเนาเมื่อ พ.ศ. 2538 อะบูซัยยาฟลอบวางระเบิดหลายแห่งในฟิลิปปินส์ อับดูรอจิก จันจาลอนี ถูกสังหารเมื่อ 18 ธันวาคม พ.ศ. 2541 ในการต่อสู้กับตำรวจฟิลิปปินส์ที่เกาะบาซีลัน ขณะมีอายุ 39 ปี การตายของเขาเป็นจุดเปลี่ยนของอะบูซัยยาฟ เมื่อน้องชายของเขา คาดาฟฟี จันจาลอนี ขึ้นเป็นผู้นำแทน

อะบูซัยยาฟภายใต้การนำของ คาดาฟฟี จันจาลอนี

คาดาฟฟี จันจาลอนีขึ้นเป็นผู้นำอะบูซัยยาฟเมื่ออายุ 23 ปี กลุ่มนี้ได้เปลี่ยนมาใช้การลักพาตัวเพื่อเรียกร้องเงินและอิงศาสนาน้อยลง กลุ่มนี้ขยายตัวไปมาเลเซียเมื่อ พ.ศ. 2543