ใน อะเพลกเทลอินโนเซนซ์ ผู้เล่นจะได้ควบคุมตัวละครอามิเซีย เดอ รูน (Amicia de Rune) จากมุมมองบุคคลที่สาม โดยเวลาส่วนใหญ่ในเกมแล้ว ผู้เล่นจะต้องทําการลอบเร้นเพื่อเลี่ยงการปะทะกับศัตรู หากถูกจับได้จะถูกฆ่าทันที อามิเซียพกสลิงเป็นอาวุธ ซึ่งสามารถทําให้โซ่ขาด, สร้างเสียงรบกวน หรือทําให้ศัตรูเกิดอาการงงงวยเป็นเวลานานพอที่จะทําให้หนูรุมโจมตีพวกเขา สลิงของเธอยังสามารถใช้สังหารศัตรูได้ด้วยการเล็งที่หัว มันยังสามารถใช้ยิงสิ่งของอย่างอื่นได้เช่นกัน บางชนิดสามารถจุดไฟ, ดับไฟ หรือล่อหนูมายังจุดใดจุดหนึ่ง[1] ตัวเกมประกอบด้วยปริศนาเอาตัวรอดเป็นจํานวนมาก, โดยส่วนมากแล้วจะเป็นการหาวิธีไล่หรือล่อฝูงหนูเพื่อเข้าสู่บริเวณใหม่ หรือใช้จัดการศัตรู การขับไล่หนูโดยส่วนมากแล้วใช้ไฟเป็นส่วนใหญ่ เนื่องจากหนูในเกมจะไม่เข้าใกล้แสงไฟ อามิเซียยังสามารถประดิษฐ์กระสุนและอุปกรณ์ชนิดอื่น ๆ ได้เช่นกัน รวมไปถึงลูกหินฉาบกำมะถัน ซึ่งสามารถใช้จุดไฟได้, ระเบิดเหม็นซึ่งสามารถดึงดูดฝูงหนูไปยังจุดที่ยิง หรือสารที่มีฤทธิ์ดับไฟซึ่งสามารถใช้โยนใส่คบเพลิงของศัตรู[2] ผู้เล่นยังสามารถสั้งให้ให้ฮิวโก้ (Hugo) น้องชายของอามิเซียกระทําบางอย่างได้ในระหว่างเล่น อย่างไรก็ตาม การทําเช่นนั้นก็มีความเสี่ยงอยู่ เพราะฮิวโก้อาจจะเริ่มส่งเสียงดังได้หากถูกปล่อยให้อยู่คนเดียวเป็นเวลานาน อันจะเป็นการดึงดูดสิ่งไม่พึงประสงค์ ในช่วงหลังของเกมผู้เล่นสามารถบังคับตัวฮิวโก้ได้ แม้เขาจะไม่สามารถประดิษฐ์สิ่งของ แต่เขาสามารถควบคุมฝูงหนูและเร้นลอดผ่านทางช่องทางเล็ก ๆ ความสามารถทั้งหมดจะถูกนํามารวมกันเมื่อพี่น้องทั้งสองกลับมาพบหน้ากันอีกครั้งในช่วงท้ายเกม