เนื้อเรื่องของเกมเริ่มขึ้นในปี ค.ศ. 1348 อามิเซีย เดอ รูน เด็กสาวจากตระกูลขุนนางผู้ปกครองดินแดนชนบทในแคว้นอากีแตน ซึ่งถูกกองทัพอังกฤษรุกรานในช่วงสงครามร้อยปี น้องชายของเธอ ฮิวโก้ ป่วยตั้งแต่กําเนิด แม่ของพวกเขา เบียทริซ์ (Béatrice) ซึ่งเป็นนักเล่นแร่ ได้ทําการกักตัวบุตรชายไว้ในคฤหาสน์ประจําตระกูลเป็นเวลาหลายปีเพื่อหาทางรักษา ขณะที่อามิเซียกําลังออกล่าสัตว์ในป่ากับโรเบิร์ต ผู้เป็นบิดา เธอก็ได้พบกับเหตุการณ์ประหลาด และสุนัขล่าสัตว์ก็ถูกฆ่าโดยสิ่งที่มองไม่เห็น พวกเขารีบกลับไปยังคฤหาสน์ แต่ทหารจากศาลศาสนา ซึ่งนําโดยลอร์ดนิโคลัส (Lord Nicholas) ได้มาถึงในเวลไล่เลี่ยกันและทําการค้นคฤหาสน์เพื่อจับตัวฮิวโก้ สังหารโรเบิร์ตและบรรดาข้ารับใช้ เบียทริซ์ช่วยนําทางลูก ๆ ของเธอหนี และกําชับให้อามิเซียพาฮิวโก้ไปหาลอเรนทิสต์ (Laurentius) นายแพทย์ประจําตระกูล ก่อนที่ตัวเธอเองจะถูกฆ่า

อามิเซียและฮิวโก้หลบหนีไปทางหมู่บ้านใกล้เคียง ซึ่งพวกเขาได้พบว่าฝูงหนูได้แพร่เชื้อกาฬโรคและคอยกัดกินทุกสิ่งที่ขวางหน้า ทั้งสองต้องหลบหนีผู้คนในหมู่บ้าน ซึ่งเชื่อว่าฮิวโก้เป็นต้นเหตุของโรคระบาด และทหารของศาสนจักร อามิเซียและฮิวโก้เดินทางไปถึงไร่ของลอเรนทิสต์ได้ในที่สุด แต่พวกเขากลับพบว่าตัวลอเรนทิสต์ได้ติดเชื้อกาฬโรคไปแล้ว ลอเรนทิสต์จึงขอให้อามิเซียช่วยสานต่องานวิจัยที่แม่ของเธอทําเอาไว้ เมื่อบ้านของลอเรนทิสต์ถูกหนูบุกเข้ามา อามิเซียและฮิวโก้จึงหนีไปพร้อมกับลูกศิษย์ของเขา ลูคัส (Lucas) เพื่อตามหาปราสาทเงา (Château d'Ombrage) ลึกลับ ระหว่างที่พวกเขากําลังเดินทาง ลูคัสได้อธิบายว่าเลือดของฮิวโก้เป็นพาหะของสิ่งชั่วร้ายเหนือธรรมชาติที่ชื่อว่า พรีมา มาร์คิวลาร์ (Prima Macula) ซึ่งหลับไหลอยูในสายเลือดของตระกูลชนชั้นสูงหลายตระกูลมาตั้งแต่ครั้งโรคระบาดจัสติเนียน เบียทริซ์และลอเรนทิสต์พยายามหาทางรักษาอาการนี่มาเป็นเวลานานแล้ว ในขณะที่ประธานศาลศาสนา (Grand Inquisitor) ไวทาลิส เบเนเวนต์ (Vitalis Bénévent) ต้องการพลังของมัน พวกอามิเซียได้รับการช่วยเหลือจากอาร์เธอร์ (Arthur) และเมลี (Melie) พี่น้องฝาแฝดผู้ประกอบอาชีพเป็นโจร ทุกคนไปถึงปราสาทได้อย่างปลอดภัย ยกเว้นอาร์เธอร์ที่ถูกจับตัวไประหว่างทาง

ลูคัสได้บอกในภายหลังว่าเขาต้องการตําราต้องห้าม แซงจีนุส อิเตอร์เนรา (Sanguinis Itinera) เพื่อผสมตัวยาที่อาจจะอาการรักษาฮิวโก้ได้ให้เสร็จสมบรูณ์ อามิเซียจึงแอบเข้าไปในมหาวิทยาลัยของเมืองใกล้ ๆ เพื่อไปเอาแซงจีนุส อิเตอร์เนรา ในขณะที่เมลีมุ่งหน้าไปช่วยอาร์เธอร์โดยลําพัง อามิเซียสามารถเข้าไปเอาหนังสือได้สําเร็จ และได้ช่วยเหลือช่างตีเหล็กนามว่า รอดริก (Rodric) เขาจึงช่วยเธอหนีออกจากมหาวิทยาลัยนั้นเป็นการตอบแทน อามิเซียกับรอดริกเดินทางกลับปราสาทพร้อมกับอาร์เธอร์และเมลี อาร์เธอร์ได้เปิดเผยว่าเขาเห็นเบียทริซ์ถูกจองจําโดยพวกศาลศาสนา อามิเซียจึงกําชับให้พวกเขาเก็บเรื่องนี้เป็นความลับ แต่ฮิวโกได้ยินบทสนทนาทั้งหมด ต่อมาอาการของเขาก็แย่ลงอย่างรวดเร็ว อามิเซียและลูคัสจึงจําต้องกลับไปยังฤหาสน์ประจําตระกูลอีกครั้งเพื่อค้นหางานวิจัยของเบียทริซ์และพบห้องวิจัยลับของเธออยู่ใต้ซากโบราณสถานโรมันที่อยู่ใกล้เคียง ลูคัสจึงทําการผสมตัวยาให้เสร็จและรีบนํากลับไปให้ฮิวโก้ดื่ม ยาดังกล่าวช่วยบรรเทาอาการของเขาให้ทุเลาลง แต่ต่อมาฮิวโก้ก็หนีไปมอบตัวกับศาลศาสนาเพื่อตามหาเบียทริซ์ ทําให้อามิเซียรู้สึกผิดอย่างมากที่ปกปิดความจริงจากน้องชาย ขณะเดียวกันไวทาลิสก็ทําการฉีดเลือดของฮิวโกเข้าสู่ร่างของตน เพื่อที่จะสามารถควบคุมพลังของมาร์คิวลาร์ได้ แต่ยาของลูคัสได้ชะลอการกลายพันธ์ของมันให้ช้ากว่าปกติ ต่อมาฮิวโก้ได้หลบหนีจากการถูกคุมขังและพบกับเบียทริซ์อีกครั้ง ซึ่งได้บอกกับฮิวโกว่าพลังของเขาสามารถใช้ควบคุมฝูงหนูได้ แต่ทั้งสองก็ถูกจับอีกครั้ง ไวทาลิสจึงขู่จะเอาชีวิตเบียทริซ์เพื่อเป็นการเร่งให้พลังในตัวฮิวโก้ให้ตื่นขึ้นมา

เดือนมกราคม ค.ศ. 1349 ปราสาทเงาถูกโจมตีโดยฝูงหนูที่นําโดยลอร์ดนิโคลัสและฮิวโก้ ซึ่งโกรธอมิเซียจากการที่เธอปิดบังความจริงเกี่ยวกับเบียทริซ์ นิโคลัสได้สังหารอาร์เธอร์ และสั่งให้ฮิวโกจัดการกับอามิเซีย แต่อามิเซียสามารถดึงสติของฮิวโก้กลับมาได้ และพวกเขาก็ร่วมมือกันจัดการนิโคลัสด้วยฝูงหนู ก่อนที่เขาจะตกลงไปในหลุมเมื่อปราสาทถล่มลงมา พวกอามิเซียจึงตัดสินใจว่าจะใช้ฝูงหนูสู้กับพวกศาลศาสนาและไปช่วยเบียทริซ์ พวกเขาบุกไปยังอาสนวิหารที่พวกไวทาลิสใช้เป็นศูนย์บัญชาการ ระหว่างนั้นรอดริกได้สละชีวิตตนเองเพื่อให้คนอื่นๆ ไปถึงอาสนวิหารได้อย่างปลอดภัย ไวทาลิสได้ทําการเพาะพันธ์หนูที่มีเพียงแต่เขาเท่านั้นที่ควบคุมได้ ฝูงหนูของไวทาลิสและฮิวโก้ต่างเข้าปะทะกัน จนกระทั้งอามิเซียสบโอกาส จึงใช้สลิงของเธอสังหารไวทาลิสเสีย สามวันต่อมา ทั้งหนูและเชื้อกาฬโรคก็หายไป ถึงแม้ชาวบ้านจะยังกลัวฮิวโก้อยู่บ้างก็ตาม เมลีแยกตัวออกจากกลุ่มหลังจากนั้นไม่นาน ส่วนอามิเซีย ฮิวโก ลูคัส และเบียทริซ์ที่มีอาการป่วย ก็ออกเดินทางไปที่ท่าเรือเพื่อหาบ้านแห่งใหม่