พบหลักฐานการใช้อักษรขอมโบราณเขียน ภาษาสันสกฤต และภาษาเขมร ในบริเวณภาคอีสาน ภาคกลาง และภาคใต้ ของประเทศไทยปัจจุบัน ระหว่างพุทธศตวรรษที่ ๑๔-๑๖ แต่จะไม่พบเอกสารโบราณประเภทจารึกที่ใช้อักษรขอมโบราณ ในแถบภาคเหนือตั้งแต่จังหวัดตากขึ้นไป หลักฐานทำนองนี้รวมไปถึงโบราณสถาน ที่เรียกว่า ปราสาทหิน ปราสาทอิฐ และพระปรางค์แบบขอม หรือลพบุรีที่มีอยู่ทั่วไปในภาคอีสาน ภาคกลาง ภาคใต้ แต่ไม่เคยปรากฏอยู่ทางภาคเหนือ

ในประเทศไทย อักษรขอมถือเป็นอักษรศักดิ์สิทธิ์ ใช้ในงานด้านศาสนาเป็นส่วนใหญ่ อักษรขอมที่ใช้เขียนภาษาบาลีเรียก อักษรขอมบาลี ส่วนที่ใช้เขียนภาษาไทยเรียก อักษรขอมไทย ซึ่งมีอักขรวิธีต่างจากอักษรขอมกลุ่มอื่นๆ ต่อมา อักษรขอมไทยถูกแทนที่ด้วยอักษรไทย ส่วนอักษรขอมบาลียังคงใช้เขียนภาษาบาลีเรื่อยมา แม้จะมีการพัฒนาอักษรไทยและอักษรอริยกะมาเขียนภาษาบาลีก็ตาม อักษรขอมบาลีถูกยกเลิกไปในสมัย จอมพล ป. พิบูลสงคราม