แนวคิดเกี่ยวกับภาษาที่เขียนด้วยอักษรสินธุมีหลายทฤษฎี

• ภาษานี้ไม่เกี่ยวข้องกับภาษาใดในปัจจุบัน
• ภาษานี้เป็นภาษาของเผ่าอารยัน ซึ่งใช้พูดในอินเดียเหนือและปากีสถาน เช่นเดียวกับ ภาษาฮินดี ภาษาสันสกฤต โดยภาษาของชาวสินธุอาจเป็นภาษาโบราณของภาษากลุ่มนี้ ข้อด้อยของทฤษฎีนี้คือ คำว่า ม้า ซึ่งมีความสำคัญในวัฒนธรรมของเผ่าอารยัน กลับปรากฏในอักษรนี้เก่าสุดเพียง 1,457 ปีก่อนพุทธศักราช ซึ่งอาจเป็นไปได้ว่าไม่มีชาวอารยันก่อนช่วงเวลาดังกล่าว
• ภาษานี้เป็นภาษาตระกูลมุนดา ซึ่งเป็นภาษาที่ใช้พูดในอินเดียตะวันออกและใกล้เคียงกับภาษาในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ แต่คำศัพท์ของภาษาตระกูลมุนดาพบน้อยในวัฒนธรรมฮารัปปัน ทำให้ความเป็นไปได้ค่อนข้างคลุมเครือ
• ภาษานี้เป็นภาษาดราวิเดียนซึ่งใช้พูดในอินเดียใต้ ยกเว้นภาษาบราฮุยในปากีสถาน นอกจากนั้นยังพบอิทธิพลของภาษาดราวิเดียนมากมายในยุคพระเวท โดยคำจากภาษากลุ่มอารยันเข้ามาแทนที่คำจากภาษาดราวิเดียน พยัญชนะบางตัวพบในภาษาอารยันและดราวิเดียนแต่ไม่พบในภาษากลุ่มอิหร่าน แสดงว่าภาษาดราวิเดียนอาจเป็นภาษาเริ่มต้นของภาษาอารยัน อักษรที่พบยังมีลักษณะของการเขียนภาษารูปคำติดต่อโดยบางเครื่องหมายเป็นปัจจัยต่อท้ายคำซึ่งเป็นลักษณะของภาษาดราวิเดียน