ใน พ.ศ. 2461 สหรัฐอเมริกาได้สนับสนุนให้ฟิลิปปินส์หาศพของโบนีฟาซิโอที่อาจจะหลงเหลืออยู่ในมารากอนดอน และมีผู้พบโครงกระดูกที่คาดว่าจะเป็นของโบนีฟาซิโอในไร่อ้อย และได้นำมาเก็บรักษาไว้ เมื่ออากีนัลโดออกมาต่อต้าน เอ็มมานูเอล เกซอน ใน พ.ศ. 2478 เกซอนได้พยายามปลุกระดมเกี่ยวกับความทรงจำถึงโบนีฟาซิโอ เพื่อต่อต้านอากีนัลโด เพราะอากีนัลโดเป็นผู้ประหารชีวิตโบนีฟาซิโอ อย่างไรก็ตาม หลังจากที่ญี่ปุ่นรุกรานฟิลิปปินส์ในสมัยสงครามโลกครั้งที่ 2 และเข้ายึดครองมะนิลา กระดูกของโบนีฟาซิโอได้หายไป .[1][2][3]