โบนีฟาซิโอเกิดเมื่อ 30 พฤศจิกายน พ.ศ. 2406 ที่ตำบลตอนโดในมะนิลา ครอบครัวของเขายากจนมาก และเขาเป็นกำพร้าตั้งแต่อายุ 14 ปี ในวัยเด็ก เขาประกอบอาชีพเป็นกรรมกร และขายของเก่า รับจ้างเป็นยาม เขาจึงไม่มีโอกาสได้รับการศึกษาในระบบ แต่ด้วยความเป็นคนใฝ่รู้ จึงพยายามศึกษาด้วยตนเองจนอ่านออกเขียนได้ เขาได้รับอิทธิพลจากงานเขียนของโฮเซ่ ริซัลเรื่องอันล่วงละเมิดมิได้ นอกจากนั้น โบนีฟาซิโอยังได้เป็นสมาชิกรุ่นแรกๆ ของสันนิบาตฟีลีปีนาที่ริซัลก่อตั้งขึ้นใน พ.ศ. 2435 แต่หลังจากนั้นไม่นาน ริซัลถูกเนรเทศไปยังเมืองอาปีตัน สันนิบาตจึงสลายตัวลง หลังจากนั้นไม่นาน โบนีฟาซิโอจึงก่อตั้งขบวนการกาตีปูนัน ขึ้นเมื่อ 7 กรกฎาคม พ.ศ. 2435 โดยใช้แนวคิดของริซัลเป็นแกนหลัก

ต่อมาใน พ.ศ. 2437 โบนีฟาซิโอได้จัดประชุมสมาชิกที่เทือกเขามอนทัลบัน เพื่อวางแผนปฏิวัติ ก่อนจะกำหนดการจับอาวุธลุกขึ้นสู้ในวันที่ 30 กันยายน พ.ศ. 2439 แต่ฝ่ายกาตีปูนันเป็นฝ่ายพ่ายแพ้ โบนีฟาซิโอหนีไปตั้งตัวที่เทือกเขามอนทันบัล แต่รัฐบาลสเปนก็ดำเนินนโยบายผิดพลาดด้วยการสั่งประหารชีวิตโฮเซ่ ริซัล ทำให้ขบวนการกาตีปูนันฟื้นตัวขึ้นมาอีก โบนีฟาซิโอยังคงจับอาวุธลุกขึ้นสู้กับสเปน และจัดตั้งรัฐบาลกาตีปูนันที่ตำบลเตเฮโรส และพยายามร่วมมือกับกลุ่มชาตินิยมอื่นๆ

โบนีฟาซิโอได้ร่วมมือกับเอมีลีโอ อากีนัลโด และได้ตกลงตั้งสภาปฏิวัติใหญ่ขึ้นที่เตเฮโรส และมีการเลือกตั้งประธานาธิบดีเมื่อ 22 มีนาคม พ.ศ. 2439 ปรากฏว่าอากีนัลโดได้เป็นประธานาธิบดี โบนีฟาซิโอได้เป็นผู้อำนวยการทางด้านมหาดไทย แต่ก็มีผู้คัดค้านอีกทำให้เขาเสียหน้า ในที่สุดจึงถอนตัว ไม่ยอมรับสาธารณรัฐฟิลิปปินส์ กลุ่มของโบนีฟาซิโอกับกลุ่มของอากีนัลโดจึงต่อสู้กัน ผลปรากฏว่าโบนีฟาซิโอเป็นฝ่ายพ่ายแพ้ ถูกจับตัวได้และถูกประหารชีวิตเมื่อ 10 พฤษภาคม พ.ศ. 2440 ขบวนการกาตีปูนันจึงสิ้นสุดลง