เนื้อเรื่องเล่าถึงโลกที่สองเผ่าพันธุ์ปกครองอยู่ มนุษย์และสัตว์ประหลาด ซึ่งทั้งสองเผ่าพันธุ์ต่างอาศัยด้วยการอย่างสงบสุข แต่แล้วทั้งสองเผ่าพันธุ์ก็ได้ทำสงครามขึ้น เพราะเหล่ามนุษย์เกรงกลัวในพลังของสัตว์ประหลาด หลังจากสงครามอันยาวนาน มนุษย์เป็นฝ่ายชนะ และให้จอมเวทย์ทั้ง 7 คนทำการขังสัตว์ประหลาดไว้ที่ใต้ดิน โดยใช้เวทมนตร์สร้างบาเรียเพื่อป้องกันไม่ให้สัตว์ประหลาดออกไปยังโลกภายนอก

ต่อมาในปี 201X ตำนานเล่าว่าหากขึ้นไปยังภูเขาอีบ็อตต์ (Mt. Ebott) ก็จะไม่มีวันกลับมาได้อีกเลย ซึ่งก็ได้มีเด็กคนหนึ่งเดินขึ้นไปยังภูเขา และพบหลุมขนาดใหญ่ ก่อนจะร่วงลงมา ซึ่งหลุมแห่งนั้นได้นำพาไปยังโลกใต้ดินของเหล่าสัตว์ประหลาด เด็กคนนั้นตกลงมายังพุ่มดอกไม้สีทอง และได้พบดอกไม้พูดได้ชื่อ Flowey เขาชี้แนะให้มนุษย์เกี่ยวกับ "เลเวล" หรือ "LOVE" โดยมนุษย์จะได้ EXP จากการฆ่ามอนสเตอร์ Flowey พยายามฆ่ามนุษย์เพื่อที่จะเอาวิญญาณของมนุษย์คนนั้นมาใช้ แต่ก็ได้ Toriel มอนสเอตร์ที่มีรูปร่างเหมือนแพะเข้ามาช่วยเหลือไว้และชี้แนะให้มนุษย์ในการไขปริษนาและเอาตัวรอดการมอนสเตอร์ในโลกใต้ดินโดยไม่ฆ่า Toriel ตั้งใจที่จะเลี้ยงดูมนุษย์คนนั้นมาไว้ที่ rule เพื่อปกป้องเขาจาก Asgore Dreemurr ราชาแห่งโลกใต้ดิน

แต่ต่อมามนุษย์คนนนั้นก็ออกจาก ruins และมุ่งหน้าค้นหาปราสาทของ Asgore ซึ่งระหว่างทางมนุษย์ผู้นั้นก็ยังได้พบกับอุปสรรคต่างๆ มากมายจากเหล่ามอนสเตอร์และยังได้พบกับสองพี่น้องมอนสเตอร์โครงกระดูกอย่าง Papyrus และ Sans ซึ่งทั้งสองทำหน้าที่เป็นยามในป่า Snowdin โดยมี Undyne เป็นหัวหน้าผู้พิทักษ์เหล่ามอนสเตอร์ซึ่งอาศัยอยู่ที่ Waterfall และมี Alphys เป็นนักวิทยาศาสตร์แห่งอาณาจักร และมี Mettaton เป็นหุ่นยนต์ที่ Alphys สร้างขึ้นมาเพื่อแสดงในรายการทีวีในโลกใต้ดิน โดยเผชิญหน้ากับเหล่ามอนสเตอร์นั้น มนุษย์สามารถเหลือได้ว่าจะฆ่าพวกเขาหรือจะแสดงความเมตตากับพวกเขา หากมนุษย์ไว้ใจพวกเขา พวกเขาอาจเลือกที่จะเป็นเพื่อนกับมนุษย์ก็ได้ ระหว่างการเดินทาง มนุษย์ได้เรียนรู้สาเหตุของสงครามระหว่างมนุษย์และมอนสเตอร์ โดยเมื่อนานมาแล้ว Asriel ลูกชายของ Asgore และ Toriel ได้ผูกมิตรกับลูกมนุษย์คนแรกตกลงมายังโลกใต้ดินและได้กลายเป็นลูกบุญธรรมของ Asgore และ Toriel ทำให้ทั้งอาณาจักรเริ่มมีความหวังมากขึ้น แต่อยู่มาวันหนึ่งมนุษย์คนนั้นได้คิดแผนที่จะช่วยเหล่ามอนสเตอร์โดยได้ฆ่าตัวตายด้วยการกินดอกไม้พิษ โดยก่อนตายมนุษย์คนนั้นได้ขอให้ Asriel พาเขาไปดูดอกไม้สีทองที่หมู่บ้านของเขาบนโลกด้านบน Asriel จึงสูบวิญญาณของมนุษย์คนนั้นและกลายร่างเป็นผู้ทรงพลัง จากนั้นเขาจึงพามนุษย์คนนั้นไปสู่โลกด้านบน เมื่อ Asriel ไปยังหมู่บ้านของมนุษย์ เหล่ามนุษย์ก็โจมตีทุกอย่างที่พวกมีใส่ Asriel และทำร้ายเขาอย่างสาหัส จนทำให้ Asriel ตายไปเมื่อกลับมายังโลกใต้ดิน เมื่อ Asgore ทราบเรื่องเขาจึงประกาศสงครามและพยายามรวบรวมวิญญาณมนุษย์ทั้ง 7 ดวงเพื่อทำลายบาเรีย ซึ่งตอนนี้เขามีเพียง 6 ดวง Toriel ไม่พอใจในการกระทำของ Asgore เธอจึงออกมาจากปราสาทและไปใช้ชีวิตอยู่ที่ ruins และตั้งใจที่จะปกป้องมนุษย์ผู้ใดก็ตามที่ตกลงมา

เมื่อผู้เล่นได้เจอกับ Asgore ผู้เล่นจะต้องต่อสู้กับเขา เมื่อ Asgore แพ้ให้ผู้เล่น หากผู้เล่นไว้ชีวิตเขา Flowey จะมาซุ่มโจมตี Asgore ในภายหลัง และใช้วิญญาณของมนุษย์ทั้ง 6 กลายร่างตัวเองเป็น Omega Flowey และต่อสู้ต่อผู้เล่น เมื่อผู้เล่นสามารถชนะ Flowey และเลือกไว้ชีวิตเขา Flowey จะหนีไป และกลับมายื่นข้อเสนอตอนจบแบบ Happy Ending ให้ เมื่อผู้เล่นกลับมาเล่นในอีกรอบหนึ่ง Flowey จะถูกเปิดเผยว่า เขาเป็นการกลับมาเกิดใหม่ของ Asriel โดยเกิดจากการทดลองของ Alphys เมื่อผู้เล่นได้มาสู้กับ Asgore อีกครั้ง Toriel ได้เข้าไปขัดขวางก่อนที่มนุษย์และ Asgore จะต่อสู้กันและเข้าร่วมกับสัตว์ประหลาดอื่น ๆ ที่มนุษย์ได้ผูกมิตรไว้ แต่หลังจากนั้น Flowey ก็ซุ่มโจมตีมอนสเตอร์ทั้งหมดและใช้วิญญาณของพวกเขาทุกตัวคืนร่างเป็น Asriel ที่มีพลังมหาศาล มนุษย์ได้เชื่อมโยงกับเพื่อนใหม่ของเขาในระหว่างการต่อสู้ จนได้รับชัยชนะ แอสเรียลจึงคืนร่างเป็นลูกแพะดังเดิมและทำลายบาเรีย เขาได้รู้ว่ามนุษย์คนนั้นที่มีชื่อว่า Frisk เขาสำนึกผิดต่อมนุษย์และเหล่ามอนสเตอร์ เขาจึงคืนวิญญาณมอนสเตอร์ทั้งหมด ก่อนที่เขาจะเดินจากไป จากนั้นมนุษย์ก็ตื่นมาท่ามกลางเหล่าเพื่อนๆ ที่ล้อมรอบเขา จากนั้น Frisk และเหล่ามอนสเตอร์จึงออกจากโลกใต้ดินไป และอาศัยอยู่ร่วมกับมนุษย์อย่างสงบสุข