เนื้อเรื่องใน อัสแซสซินส์ครีด โอดิสซี จะเกิดในช่วง 431 ปีก่อนคริสตกาล หรือกว่า 400 ปีก่อนเหตุการณ์ใน อัสแซสซินส์ครีด ออริจินส์ โดยสมมุติเหตุการณ์ให้อยู่ในช่วงสงครามเพโลพอนนีเซียน ซึ่งเป็นการปะทะกันระหว่าง 2 รัฐที่ยิ่งใหญ่ในยุคโบราณอย่าง สปาร์ตา และ เอเธนส์ โดยผู้เล่นจะได้สวมบทเป็นทหารรับจ้างที่พลัดหลงและถูกเก็บมาเลี้ยงและต้องทำการเลือกว่าจะสู้ให้กับฝั่งสปาร์ตาหรือเอเธนส์และต้องสืบหาเบาะแสการหายตัวไปของ มายรินี แม่ของตัวเอกรวมถึงน้องของตัวเอกที่พลัดตกจากหน้าผาในพิธีบูชายัญตั้งแต่ยังเป็นทารกอีกทั้งยังถูกตามล่าจากลัทธิที่มีชื่อว่า ลัทธิคอสมอส เพื่อให้ได้รู้ความจริงในเรื่องนี้ว่าทำไมตัวเอกถึงถูกตามล่าตัวเอกจึงต้องทำการกำจัดสมาชิกของลัทธิทีละคนเพื่อสาวไปถึงเจ้าลัทธิที่เป็นบอสใหญ่

สำหรับโลกยุคปัจจุบัน อัสแซสซินส์ครีด โอดิสซี ได้ดำเนินเนื้อเรื่องผ่าน เลย์ลา ฮัสซัน ซึ่งปรากฏตัวครั้งแรกใน อัสแซสซินส์ครีด ออริจินส์