พื้นที่อันเป็นที่ตั้งของนครอากิตะ ณ ปัจจุบัน เคยเป็นส่วนหนึ่งของจังหวัดเดวะ ซึ่งเป็นจังหวัดในยุคโบราณของญี่ปุ่นเมื่อกว่าพันปีที่แล้ว ภายในเมือง มีซากโบราณสถานสำคัญที่เรียกว่า จิโซเด็ง อยู่ ซึ่งโบราณวัตถุนั้นล้วนเป็นสิ่งของจากยุคหินจนถึงยุคยาโยอิ ต่อมาในยุคนาระ ราชสำนักได้สร้างปราสาทอากิตะขึ้นในปี พ.ศ. 1276 เพื่อที่จะสามารถควบคุมและปกครองชนเผ่าพื้นเมืองเอมิชิได้ ทั้งนี้ ในยุคเซ็งโงกุ อากิตะถูกปกครองโดยตระกูลซามูไรท้องถิ่นที่ปกครองโดยการสืบสายโลหิต จนกระทั่งในยุคเอโดะ ตระกูลซาตาเกะก็ได้เข้ามาปกครองพื้นที่แถบนี้และสถาปนาเป็นแคว้นคูโบตะ ภายใต้รัฐบาลโชกุนโทกูงาวะ

รัชสมัยเมจิและไทโช

ในรัชสมัยเมจิ เมื่อรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะล่มสลายและอำนาจสูงสุดหวนคืนสู่องค์จักรพรรดิ รัฐบาลสมเด็จพระจักรพรรดิได้ยุบแคว้นคูโบตะ แคว้นถูกแบ่งออกเป็นสองตำบล คือ ตำบลอากิตะและตำบลคูโบตะ และจัดตั้งเป็นจังหวัดอากิตะในปี พ.ศ. 2414 ต่อมา เขตโบราณของอากิตะได้ถูกแบ่งออกเป็นสองอำเภอ คือ อำเภอคิตาอากิและอำเภอมินามิอากิตะในปี พ.ศ. 2421 ทั้งนี้ ในวันที่ 30 เมษายน พ.ศ. 2429 ได้เกิดเหตุเพลิงไหม้ครั้งใหญ่ขึ้นในเมืองอากิตะ บ้านเรือนส่วนใหญ่ถูกเผาทำลาย

เมื่อประเทศมีระบบเทศบาลเกิดขึ้นเมื่อวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2432 "เทศบาลเมืองอากิตะ" ก็ได้รับการจัดตั้งขึ้นอย่างเป็นทางการ ซึ่งเขตเทศบาลนี้ก็ได้รวมเอาตำบลอากิตะและตำบลคูโบตะที่มีอยู่เดิมเข้าด้วยกัน แต่ทั้งนี้ ในส่วนของพื้นที่บริเวณท่าเรือได้แยกออกไปเป็น "เทศบาลตำบลสึจิซากิโกะ"

ในรัชสมัยไทโช เป็นยุคที่เมืองอากิตะมีการพัฒนาอย่างมาก จากการเข้ามาของบริษัทน้ำมันนิปปอนออยล์คอร์เพอเรชันในปี พ.ศ. 2457 และการเปิดสาขาของธนาคารแห่งประเทศญี่ปุ่น ในปี พ.ศ. 2459

พ.ศ. 2516 ที่ชานเมืองอากิตะ ได้มีรายงานการประจักษ์ของพระแม่มารีย์ ในบริเวณชนบทห่างไกลซึ่งได้รับความสนใจจากคริสตชนและชวาญี่ปุ่นทั่วประเทศ ภายหลังเป็นที่รู้จักกันในนามแม่พระประจักษ์ที่อากิตะ