หลังจากญี่ปุ่นยึดครองอินโดนีเซียใน พ.ศ. 2485 ญี่ปุ่นพยายามหาเสียงสนับสนุนจากชาวอินโดนีเซีย ซึ่งผู้นำขบวนการชาตินิยมบางคน เช่น โมฮัมมัด ฮัตตา, ซูการ์โน เป็นต้น ให้ความร่วมมือกับญี่ปุ่น แต่อามีร์ไม่ให้ความร่วมมือ เขาตั้งขบวนการใต้ดินขึ้นต่อสู้กับญี่ปุ่น โดยได้รับความช่วยเหลือจากเนเธอร์แลนด์ การดำเนินการของขบวนการดังกล่าวไม่ได้ผล เพราะญี่ปุ่นสืบทราบเสียก่อน ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2486 อามีร์และพวกก็ถูกทหารญี่ปุ่นจับ หลายคนถูกประหารชีวิต แต่ฮัตตาและซูการ์โนได้ขอให้ผ่อนผัน อามีร์จึงถูกจำคุกจนสิ้นสุดสงคราม