หลังจากที่ซูการ์โนและฮัตตาประกาศตั้งสาธารณรัฐอินโดนีเซียขึ้นในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2488 อามีร์ได้เป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสารนิเทศ ต่อมาอามีร์กับซูตัน ชะฮ์รีร์ได้ยึดอำนาจจากซูการ์โน ตั้งรัฐบาลชุดใหม่ เพื่อล้มล้างภาพของผู้นำรัฐบาลที่เคยร่วมมือกับญี่ปุ่น อามีร์นั้นได้เป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสารนิเทศและกระทรวงกลาโหม

ในสมัยรัฐบาลของชะฮ์รีร์ ได้ออกกฎหมายพรรคการเมือง ทำให้มีพรรคการเมืองมาจดทะเบียนจำนวนมาก รวมทั้งพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียด้วย แต่อามีร์ไม่ได้เปิดเผยตัวว่าเป็นสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์ ระหว่างที่เป็นรัฐมนตรีกระทรวงกลาโหม อามีร์ได้จัดตั้งกองกำลังสารวัตรทหารที่จงรักภักดีต่อเขา และพยายามสร้างกองทัพอินโดนีเซียตามแบบกองทัพแดงของรัสเซีย ทำให้ทหารที่เคยร่วมมือกับญี่ปุ่นไม่ค่อยพอใจอามีร์เท่าใดนัก

ปัญหาของอินโดนีเซียหลังสงครามคือเนเธอร์แลนด์ไม่ต้องการรับรองเอกราชของอินโดนีเซีย และพยายามส่งทหารเข้ามา ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2489 ชะฮ์รีร์ได้ลอบเจรจากับเนเธอร์แลนด์ ให้สาธารณรัฐอินโดนีเซียมีอำนาจปกครองเกาะชวา มาดูรา และสุมาตรา เกาะอื่นๆให้อยู่ในอำนาจของเนเธอร์แลนด์ และจะตั้งสหพันธรัฐอินโดนีเซียในสหภาพเนเธอร์แลนด์-อินโดนีเซีย เมื่อความจริงถูกเปิดเผย ทำให้ชาวอินโดนีเซียผิดหวังมากจนชะฮ์รีร์ต้องลาออกและอามีร์ขึ้นเป็นนายกรัฐมนตรีแทน ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2490

ทันทีที่อามีร์ขึ้นรับตำแหน่ง ปัญหาที่ต้องเผชิญคือการสู้รบกับเนเธอร์แลนด์ เนเธอร์แลนด์บุกเข้าโจมตีชวา มาดูรา และสุมาตรา แม้จะรุกคืบไปได้อย่างรวดเร็ว แต่เนเธอร์แลนด์ก็เผชิญแรงกดดันจากสหรัฐและสหประชาชาติให้พักรบ และลงนามในสนธิสัญญาสงบศึกเมื่อเดือนมกราคม พ.ศ. 2491 โดยกำหนดเส้นสมมุติตามแนวการรุกคืบของเนเธอร์แลนด์ และให้เนเธอร์แลนด์ได้ดินแดนหลังเส้นนี้ ซึ่งคิดเป็นสองในสามของเกาะ ทำให้ประชาชนไม่พอใจ อามีร์จึงต้องพ้นจากตำแหน่งนายกรัฐมนตรี