อารามบอนวาลก่อตั้งขึ้นในปี ค.ศ. 1147 โดยนักพรตจากอารามมาซ็องที่รูแอร์กในแคว้นโรนาลลป์ ชื่ออารามแปลว่า "หุบเขาอันสวยงาม" หลังจากก่อตั้งขึ้นได้ไม่นานอารามบอนวาลก็มีสร้างตัวจนมีฐานะและอำนาจขึ้นมาอย่างรวดเร็ว ที่เห็นได้จากการเป็นเจ้าของที่ดินและอสังหาริมทรัพย์มากมายทั่วประเทศฝรั่งเศส

เมื่อมาถึงกลางคริสต์ศตวรรษที่ 14 แอบบีก็ประสบกับความเสื่อมโทรมที่เป็นผลสะท้อนมาจากแบล็กเดท และมาได้รับความเสียหายและสูญเสียทรัพย์สินอีกระหว่างสงครามร้อยปี เมื่อรูแอร์กถูกมอบให้แก่ฝ่ายอังกฤษในปี ค.ศ. 1360 ตามข้อตกลงในสนธิสัญญาเบรตีญี ตัวเมืองและแอบบีย์ถูกปล้นและสร้างความเสียหาย และแม้ว่าบอนวาลจะได้รับการสร้างเสริมทางการทหารแต่ก็ไม่อาจจะต้านทานการรุกรานของทั้งกองทหารอังกฤษและโจรชาวฝรั่งเศสเอง

หลังจากนั้นบอนวาลก็ตกอยู่ในสภาวะที่เสื่อมโทรมลงโดยลำดับ แต่กระนั้นเมื่อมาถึงคริสต์ศตวรรษที่ 17 บอนวาลก็ได้รับเลือกให้เป็นสถานที่สำหรับฝึกนักพรตใหม่จากอารามซิสเตอร์เชียนทุกแห่งในบริเวณตะวันตกเฉียงใต้ของฝรั่งเศส ระหว่างการปฏิวัติฝรั่งเศสนักพรต 13 องค์สุดท้ายของแอบบีย์ก็จำต้องออกจากอารามในปี ค.ศ. 1791 ตัวแอบบีย์และทรัพย์สินถูกประเมินขาย และหินที่ใช้ในการก่อสร้างก็ถูกรื้อนำไปใช้ในการสร้างสิ่งก่อสร้างอื่น (Spolia)