อาร์ชดัชเชสมาเรีย คลีเมนติน่า ประสูติเมื่อวันที่ 1 มีนาคม พ.ศ. 2341 ณ กรุงเวียนนา ประเทศออสเตรีย เป็นพระราชธิดาองค์ที่ 5 และพระราชบุตรองค์ที่ 6 ในสมเด็จพระจักรพรรดิฟรานซ์ที่ 2 แห่งโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ และเจ้าหญิงมาเรีย เทเรซ่าแห่งทู ซิชิลีส์ เมื่อทรงพระเยาว์นั้น พระองค์ และพระเชษภัคินี พระเชษฐา พระอนุชา และพระขนิษฐา ทรงต้องเผชิญกับโรคร้าย ซึ่งเกิดจากการที่อภิเษกสมรสในหมู่เครือญาติกัน ทำให้เกิดผลกระทบแทรกซ้อนในร่างกาย ทำให้อาร์ชดยุก และอาร์ชดัชเชสรอดพระชนม์ชีพเพียง 5 พระองค์เท่านั้น แต่ที่รอดมา ส่วนใหญ่จะมีพระวรกายไม่ครบ 32 ประการ หรือเป็นโรคแทรกซ้อนตามมา เช่น สมเด็จพระจักรพรรดิเฟอร์ดินานด์ พระเชษฐาทรงเป็นโรคลมบ้าหมู ทำให้เป็นอุปสรรคในการครองราชย์ จึงต้อมทรงสละราชสมบัติ อาร์ชดัชเชสมาเรีย แอนนา พระขนิษฐา ทรงมีสติปัญญาเหมือนยังทรงพระเยาว์ อาร์ชดัชเชสมารี หลุยส์ พระเชษฐภัคินี และอาร์ชดยุกฟรานซ์ คาร์ล พระอนุชา มีพระหทัยไม่ปกติ ส่วนพระองค์อื่นๆสิ้นพระชนม์หมด มีแต่พระองค์และอาร์ชดัชเชสมาเรีย ลีโอโพลดิน่า พระเชษฐภัคินีเท่านั้น ที่มีพระวรกายสมบูรณ์ครบถ้วนทุกประการ