อำเภอบันนังสตาเดิมชื่อว่า อำเภอบาเจาะ (ยาวี: باچوق; รูมี: Bachok) ขึ้นกับเมืองรามัน ตั้งเมื่อปี พ.ศ. 2450 ต่อมาได้ยกเลิกหัวเมืองต่าง ๆ จึงได้ย้ายอำเภอมาตั้งที่แห่งใหม่แล้วตั้งชื่อว่า อำเภอบันนังสตา (ยาวี: بنڠ ستار; รูมี: Benang Setar) เป็นภาษามลายูปัตตานี มาจากคำว่า บันนัง หรือ เบินดัง มีความหมายว่า "ที่นา" กับคำว่า สตา ที่หมายถึงต้นมะปราง รวมกันจึงมีความหมายว่า "นามะปราง" หรือ "ที่นาที่มองเห็นต้นมะปรางได้แต่ไกล"[1]

อำเภอบันนังสตาและอำเภอธารโตแวดล้อมไปด้วยภูเขาและป่าไม้ โดยเฉพาะบริเวณภูเขาจึงมีแหล่งแร่ธาตุ ทำให้เกิดการทำเหมืองดีบุก วุลแฟรม แมงกานีส ตะกั่ว ประมาณ 30 เหมือง และเป็นที่มาของตราประจำจังหวัดยะลา[1]