อำเภอบ่อเกลือตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือของจังหวัดน่าน ประมาณพิกัดเส้นรุ้งที่ 19 องศา 8 ลิปดา 30 พิลิปดาตะวันออกและเส้นแวงที่ 101 องศา 10 ลิปดา 0 พิลิปดาเหนือ มีเนื้อที่ปกครองประมาณ 523,781.25 ไร่ หรือประมาณ 838.05 ตารางกิโลเมตร คิดเป็นเนื้อที่ร้อยละ 7.40 ของเนื้อที่จังหวัดน่านทั้งหมด มีอาณาเขตติดต่อกับเขตการปกครองข้างเคียงดังนี้

• ทิศเหนือ ติดต่อกับอำเภอเฉลิมพระเกียรติ
• ทิศตะวันออก ติดต่อกับแขวงไชยบุรี (ประเทศลาว)
• ทิศใต้ ติดต่อกับอำเภอแม่จริมและอำเภอสันติสุข
• ทิศตะวันตก ติดต่อกับอำเภอปัว