อำเภอบ่อเกลือเดิมเรียกว่า เมืองบ่อ ซึ่งคงจะหมายถึงบ่อน้ำเกลือสินเธาว์ที่มีอยู่ในพื้นที่ซึ่งเดิมมีอยู่จำนวน 9 บ่อ เมืองบ่อเดิมทีเป็นชุมชนขนาดใหญ่ มีความสำคัญมาตั้งแต่ในอดีตกาล ปรากฏหลักฐานทางประวัติศาสตร์ตามพงศาวดารเมืองน่านซึ่งพระเจ้าสุริยพงษผริตเดชได้แต่งรวบรวมขึ้นไว้ มีข้อความกล่าวถึงแหล่งผลิตเกลือที่สำคัญที่เป็นสาเหตุให้พระเจ้าติโลกราชแห่งเมืองเชียงใหม่ยกทัพมายึดเมืองน่าน เมื่อปี พ.ศ. 1993 ว่า

"เดิมทีเขตอำเภอบ่อเกลือเป็นป่าดงพงไพร ไม่มีผู้คนอาศัยอยู่ มีหนองน้ำ ซึ่งพวกสัตว์ต่าง ๆ ชอบมากินน้ำในหนองน้ำแห่งนี้เป็นประจำ และยังมีนายพรานผู้หนึ่งมาล่าสัตว์ และเห็นพวกเหล่าสัตว์ทั้งหลายมักจะกินน้ำที่นี่เป็นประจำ เมื่อลองชิมดูจึงรู้ว่ามีรสเค็ม ข่าวได้ล่วงรู้ไปถึงเจ้าหลวงภูคาและเจ้าหลวงบ่อ จึงได้มาดูบ่อน้ำเกลือ และต่างก็ต้องการครอบครอง จึงคิดหาวิธีการโดยทั้งสองพระองค์ขึ้นไปอยู่ที่ยอดดอยภูจั๋น เพื่อแข่งขันกันพุ่งสะเน้า (หอก) แสดงการครอบครองบ่อน้ำเกลือ เจ้าหลวงภูคาพุ่งหอกไปตกทางตะวันตกของลำน้ำมาง ตรงที่ตั้งหอนอกในปัจจุบัน เจ้าหลวงบ่อพุ่งหอกไปตกทางตะวันออกของลำน้ำมาง ตรงที่ตั้งหอเจ้าพ่อบ่อหลวงในปัจจุบัน ผู้คนที่พากันมาดูการแข่งขันพุ่งหอก ได้นำเอาก้อนหินมาก่อไว้เป็นที่สังเกต แล้วตั้งเป็นโรงหอทำพิธีระลึกตอบแทนเจ้าหลวงทั้งสององค์ทุกปี ภายหลังทั้งสองพระองค์คิดกันว่า จะนำคนที่ไหนมาอยู่ เมื่อปรึกษากันแล้ว เจ้าหลวงภูคาจึงไปทูลขอประชาชนที่อยู่เมืองเชียงแสนจากเจ้าเมืองเชียงรายมาหักร้างถางพงทำเกลืออยู่ที่นี่ ซึ่งเป็นบรรพบุรุษของชาวบ่อหลวงในปัจจุบันนั่นเอง ดังนั้นชุมชนบริเวณนี้จึงได้เกิดขึ้นและดำรงอยู่มาจนถึงปัจจุบันนี้ (ผู้เฒ่าผู้แก่เล่าว่า เดิมทีนั้นบรรพบุรุษอยู่ที่ประเทศมองโกเลียและประเทศจีน หนี้ลี้ภัยมาทางแม่น้ำเหลืองเข้าสู่ประเทศลาว ทางประเทศลาวไม่อนุญาตให้อาศัยอยู่ได้ จึงพากันข้ามแม่น้ำโขงมาอาศัยอยู่ที่เมืองเชียงแสน)"

ต่อมาเมื่อการปกครองของรัฐ เมืองบ่อจึงได้อยู่ในเขตการปกครองของอำเภอปัว โดยแยกเป็น 2 ตำบล คือตำบลบ่อเกลือเหนือและตำบลบ่อเกลือใต้ ซึ่งในระยะหลังมีราษฎรจากพื้นราบมาทำการค้าขายและตั้งรกรากอยู่เป็นจำนวนมากประกอบกับราษฎรในพื้นที่ห่างไกล จึงได้มีประกาศกระทรวงมหาดไทยแบ่งเขตการปกครองท้องที่อำเภอปัว จังหวัดน่าน โดยแยกตำบลบ่อเกลือเหนือและตำบลบ่อเกลือใต้เป็น กิ่งอำเภอบ่อเกลือ ตั้งแต่วันที่ 15 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2531[1] และได้รับการยกฐานะเป็น อำเภอบ่อเกลือ เมื่อวันที่ 7 กันยายน พ.ศ. 2538[2]