คำว่า "แพรก" มีความหมายตามพจนานุกรม ฉบับราชบัณฑิตยสถาน พ.ศ. 2493 ว่า ชื่อเรียกหญ้าชนิดหนึ่ง ต้นเป็นฝอย ใช้เป็นเครื่องสักการะห้า และอีกนัยหนึ่งคือทางแยกของน้ำ

อำเภอบ้านแพรก มีที่มาของชื่อจากทางแยกของแม่น้ำที่เปลี่ยนทางเดินคือแม่น้ำลพบุรีสายเก่ากับคลองตาเมฆ เรื่องเล่าว่าตาเมฆเป็นชาวสุพรรณบุรี มารับราชการในกรุงศรีอยุธยาพร้อมกับบิดามีหน้าที่ดูแลช้างหลวง ตาเมฆได้นำโขลงช้างมามาพักเลี้ยงอยู่ริมแม่น้ำลพบุรี โขลงช้างเดินขึ้นลงในแม่น้ำลพบุรีเกิดเป็นลำรางกลายเป็นคลอง จึงได้ชื่อว่า "คลองตาเมฆ" แม่น้ำลพบุรีเป็นแม่น้ำที่แยกจากแม่น้ำเจ้าพระยา ที่ตำบลม่วงหมู่ อำเภอเมืองสิงห์บุรี จังหวัดสิงห์บุรี ผ่านอำเภอท่าวุ้ง จังหวัดลพบุรี เข้าสู่จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ผ่านอำเภอบ้านแพรก อำเภอมหาราช อำเภอบางปะหัน มาบรรจบกับแม่น้ำป่าสักที่วัดตองปุ ตำบลบ้านเกาะ อำเภอพระนครศรีอยุธยา