บ้านแพรกสำพะเนียง เดิมเป็นตำบลชื่อหนึ่งในอำเภอมหาราช ต่อมาเมื่อ พ.ศ. 2480 ทางราชการได้ยกฐานะขึ้นเป็น กิ่งอำเภอบ้านแพรก มี 4 ตำบล ได้แก่

1. ตำบลบ้านแพรก
2. ตำบลสำพะเนียง
3. ตำบลคลองน้อย
4. ตำบลบ้านโพธิ์

ถึง พ.ศ. 2488 ทางราชการได้ประกาศรวมตำบลคลองน้อยกับตำบลบ้านโพธิ์เข้าด้วยกัน เป็นตำบลคลองน้อย ต่อมาได้ประกาศยกฐานะกิ่งอำเภอบ้านแพรกเป็น อำเภอบ้านแพรก เมื่อวันที่ 11 ธันวาคม พ.ศ. 2502 ประกอบด้วย 5 ตำบล 27 หมู่บ้าน ดังนี้

1. ตำบลบ้านแพรก จำนวน 5 หมู่บ้าน
2. ตำบลสำพะเนียง จำนวน 6 หมู่บ้าน
3. ตำบลคลองน้อย จำนวน 6 หมู่บ้าน
4. ตำบลสองห้อง จำนวน 5 หมู่บ้าน
5. ตำบลบ้านใหม่ จำนวน 5 หมู่บ้าน

นอกจากนี้ยังมีหลักฐานเก่าแก่มากมายที่ค้นพบในเขตอำเภอบ้านแพรกที่แสดงให้เห็นว่าชุมชนบ้านแพรกเป็นชุมชนที่มีความรุ่งเรืองมาแต่โบราณ ซึ่งจะศึกษาได้ที่พิพิธภัณฑ์ภูมิปัญญาท้องถิ่นอำเภอบ้านแพรก