อำเภอปากเกร็ดตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือของจังหวัด และอยู่ห่างจากตัวจังหวัดไปทางทิศเหนือ 7.45 กิโลเมตร[2] มีพื้นที่การปกครองทั้งสองฝั่งแม่น้ำเจ้าพระยา โดยมีอาณาเขตติดต่อดังนี้

• ทิศเหนือ ติดต่อกับอำเภอลาดหลุมแก้วและอำเภอเมืองปทุมธานี (จังหวัดปทุมธานี) มีคลองสามวา คลองเจ๊ก คลองตรง (คลองขุด) คลองพระอุดม แนวระวางโฉนดที่ดินระหว่างจังหวัดนนทบุรีกับจังหวัดปทุมธานี คลองบางตะไนย์ แนวกึ่งกลางแม่น้ำเจ้าพระยา และคลองบ้านใหม่เป็นเส้นแบ่งเขต
• ทิศตะวันออก ติดต่อกับเขตดอนเมืองและเขตหลักสี่ (กรุงเทพมหานคร) มีคลองประปาเป็นเส้นแบ่งเขต
• ทิศใต้ ติดต่อกับอำเภอเมืองนนทบุรี มีคลองบางตลาด แนวกึ่งกลางแม่น้ำเจ้าพระยา และคลองวัดแดงเป็นเส้นแบ่งเขต
• ทิศตะวันตก ติดต่อกับอำเภอเมืองนนทบุรีและอำเภอบางบัวทอง มีคลองแม่ร่องกร่าง คลองบางบัวทอง คลองขุนมหาดไทย (ท่าลาย) แนวกำแพงหมู่บ้านดิเอมเมอรัลด์การ์เด้นบางบัวทอง แนวกำแพงหมู่บ้านดิเอมเมอรัลด์พาร์ค 3 แนวกำแพงหมู่บ้านลภาวัน 10 คลองชลประทานพระอุดม-บางบัวทอง (คลองแอน) แนวระวางโฉนดที่ดินระหว่างอำเภอปากเกร็ดกับอำเภอบางบัวทอง คลองลำโพ และคลองลากค้อนเป็นเส้นแบ่งเขต